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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6te4
タイトルStructural insights into Pseudomonas aeruginosa Type six secretion system exported effector 8: Tse8 in complex with a peptide
要素
  • Pro-Pro-Leu-Ala-Ser-Lys
  • Tse8
キーワードTOXIN / Amidase Signature (AS) superfamily complex
機能・相同性Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase / metal ion binding / Amidase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Sainz-Polo, M.A. / Capuni, R. / Lucas, M. / Altuna, J. / Fucini, P. / Montanchez, I. / Albesa-Jove, D.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesCTQ2016-76941-R スペイン
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into Pseudomonas aeruginosaType six secretion system exported effector 8.
著者: Gonzalez-Magana, A. / Sainz-Polo, M.A. / Pretre, G. / Capuni, R. / Lucas, M. / Altuna, J. / Montanchez, I. / Fucini, P. / Albesa-Jove, D.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tse8
B: Tse8
C: Pro-Pro-Leu-Ala-Ser-Lys


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6473
ポリマ－127,6473
非ポリマー00
水9,008500
1
A: Tse8
C: Pro-Pro-Leu-Ala-Ser-Lys


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1302
ポリマ－64,1302
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
B: Tse8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5171
ポリマ－63,5171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.440, 73.611, 77.668
Angle α, β, γ (deg.)97.970, 114.950, 104.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Tse8


分子量: 63517.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA4163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HWL8
#2: タンパク質・ペプチド Pro-Pro-Leu-Ala-Ser-Lys


分子量: 612.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: peptide that might be cleaved from the C-terminal part of the protein as identified by MS analysis.
由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 % / 解説: prisms
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M MES buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→56.632 Å / Num. obs: 53333 / % possible obs: 94.85 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.48 Å2 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1873 / Rpim(I) all: 0.1199 / Rrim(I) all: 0.2233 / Net I/σ(I): 6.96
反射 シェル解像度: 2.29→2.32 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7321 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 2646 / CC1/2: 0.852 / CC star: 0.959 / R split: 0.4686 / Rrim(I) all: 0.8725 / % possible all: 90.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1m22

1m22


解像度: 2.29→56.632 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.02
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 1980 3.74 %random selection
Rwork0.2461 ---
obs0.2471 52983 94.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.97 Å2 / Biso mean: 24.63 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→56.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8398 0 0 500 8898
Biso mean---27.57 -
残基数----1135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53311759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5023105
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.29-2.34710.3452990.2948340188
2.3471-2.41060.32911980.2885363296
2.4106-2.48150.3129990.2969371696
2.4815-2.56160.29731980.2826364196
2.5616-2.65320.297990.2683374396
2.6532-2.75940.31541980.2688362496
2.7594-2.8850.3212990.2693372596
2.885-3.0370.3273990.2685373996
3.037-3.22730.27461980.2513362796
3.2273-3.47650.2761990.2344375496
3.4765-3.82620.26781980.2695343291
3.8262-4.37970.242990.1986368095
4.3797-5.51730.20371980.1967358195
5.5173-56.6320.2085990.2169370895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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