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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tbm | ||||||||||||
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タイトル | Structure of SAGA bound to TBP, including Spt8 and DUB | ||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Transcriptional co-activator / Histone-acetylation | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / nuclear mRNA surveillance => GO:0071028 / : / : / regulation of cellular biosynthetic process / SAGA-type complex / regulation of primary metabolic process / DUBm complex / : / positive regulation of DNA-templated transcription initiation ...: / nuclear mRNA surveillance => GO:0071028 / : / : / regulation of cellular biosynthetic process / SAGA-type complex / regulation of primary metabolic process / DUBm complex / : / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription export complex 2 / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / SAGA complex / DNA binding, bending / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / female gonad development / seminiferous tubule development / NuA4 histone acetyltransferase complex / male meiosis I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / nuclear pore / neuron projection morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / energy homeostasis / transcription coregulator activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / enzyme activator activity / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / TBP-class protein binding / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Pexophagy / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20 Å | ||||||||||||
![]() | Papai, G. / Frechard, A. / Kolesnikova, O. / Crucifix, C. / Schultz, P. / Ben-Shem, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of SAGA and mechanism of TBP deposition on gene promoters. 著者: Gabor Papai / Alexandre Frechard / Olga Kolesnikova / Corinne Crucifix / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem / ![]() 要旨: SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to ...SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to nucleate the pre-initiation complex on DNA, a pivotal event in the expression of protein-encoding genes. Here we present the structure of yeast SAGA with bound TBP. The core of the complex is resolved at 3.5 Å resolution (0.143 Fourier shell correlation). The structure reveals the intricate network of interactions that coordinate the different functional domains of SAGA and resolves an octamer of histone-fold domains at the core of SAGA. This deformed octamer deviates considerably from the symmetrical analogue in the nucleosome and is precisely tuned to establish a peripheral site for TBP, where steric hindrance represses binding of spurious DNA. Complementary biochemical analysis points to a mechanism for TBP delivery and release from SAGA that requires transcription factor IIA and whose efficiency correlates with the affinity of DNA to TBP. We provide the foundations for understanding the specific delivery of TBP to gene promoters and the multiple roles of SAGA in regulating gene expression. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 940.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 12種, 12分子 MCFKGHILNRQO
#1: タンパク質 | 分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SPT15 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 79995.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr1-4_0651 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 59530.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZ05 |
#8: タンパク質 | 分子量: 66690.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R150 |
#9: タンパク質 | 分子量: 80933.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4L4 |
#10: タンパク質 | 分子量: 54888.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QW33 |
#11: タンパク質 | 分子量: 17303.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZS5 |
#12: タンパク質 | 分子量: 438055.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QYV4 |
#14: タンパク質 | 分子量: 34059.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 8560.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 56745.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QY61, ubiquitinyl hydrolase 1 |
#17: タンパク質 | 分子量: 13977.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2D9 |
-Transcriptional ... , 2種, 2分子 AB
#2: タンパク質 | 分子量: 49888.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZA3 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 81864.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2A4 |
-Subunit of the SAGA ... , 2種, 2分子 DE
#5: タンパク質 | 分子量: 39030.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3E4 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 136768.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R5C7 |
-Transcription ... , 2種, 2分子 JP
#7: タンパク質 | 分子量: 23879.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QXP2 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 11126.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1P1 |
-非ポリマー , 1種, 91分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#19: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.6 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 52.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1068534 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 20 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 354104 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |