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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tb5 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the DPS2 from DEINOCOCCUS RADIODURANS to 1.83A resolution (sequentially soaked in CaCl2 [5mM] for 20 min, then in Ammonium iron(II) sulfate [10mM] for 2h). | ||||||
![]() | DNA protection during starvation protein 2 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Iron biomineralisation / iron storage / iron detoxification / DNA binding / Calcium binding. | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuypers, M.G. / McSweeney, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the DPS2 from DEINOCOCCUS RADIODURANS to 1.83A resolution (sequentially soaked in CaCl2 [5mM] for 20 min, then in Ammonium iron(II) sulfate [10mM] for 2h). 著者: Cuypers, M.G. / McSweeney, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2c6rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12|||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23289.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dps2, dps-2, DR_B0092 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9RZN1, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: cubes |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M KCl, 0.01M MgCl2, 0.05M HEPES pH 7.0, 5% v/v PEG400 (NATRIX #35) Temp details: controlled temperature room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K Ambient temp details: cryostream frozeon on beamline goniometer Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→29.61 Å / Num. obs: 20877 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1294 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.41 / Χ2: 0.84 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2C6R 解像度: 1.83→28.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.63
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 150.61 Å2 / Biso mean: 39.0355 Å2 / Biso min: 17.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→28.09 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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