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- PDB-6tb5: The crystal structure of the DPS2 from DEINOCOCCUS RADIODURANS to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tb5
タイトルThe crystal structure of the DPS2 from DEINOCOCCUS RADIODURANS to 1.83A resolution (sequentially soaked in CaCl2 [5mM] for 20 min, then in Ammonium iron(II) sulfate [10mM] for 2h).
要素DNA protection during starvation protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Iron biomineralisation / iron storage / iron detoxification / DNA binding / Calcium binding.
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Dps / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / McSweeney, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of the DPS2 from DEINOCOCCUS RADIODURANS to 1.83A resolution (sequentially soaked in CaCl2 [5mM] for 20 min, then in Ammonium iron(II) sulfate [10mM] for 2h).
著者: Cuypers, M.G. / McSweeney, S. / Romao, C.V. / Mitchell, E.P.
履歴
登録2019年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA protection during starvation protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5937
ポリマ－23,2901
非ポリマー3046
水3,099172
1
A: DNA protection during starvation protein 2
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,11984
ポリマ－279,47712
非ポリマー3,64272
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-11
crystal symmetry operation6_544z,-x-1,-y-11
crystal symmetry operation8_454-z-1,x,-y-11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation11_544y,-z-1,-x-11
crystal symmetry operation10_454-y-1,z,-x-11
crystal symmetry operation12_445-y-1,-z-1,x1
crystal symmetry operation7_445-z-1,-x-1,y1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)88.830, 88.830, 88.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

FE

21A-305-

FE

31A-451-

HOH

41A-467-

HOH

51A-550-

HOH

61A-551-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA protection during starvation protein 2


分子量: 23289.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: dps2, dps-2, DR_B0092 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9RZN1, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: cubes
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M KCl, 0.01M MgCl2, 0.05M HEPES pH 7.0, 5% v/v PEG400 (NATRIX #35)
Temp details: controlled temperature room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: cryostream frozeon on beamline goniometer
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→29.61 Å / Num. obs: 20877 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1294 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.41 / Χ2: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C6R

2c6r


解像度: 1.83→28.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1058 5.07 %
Rwork0.1734 --
obs0.1754 20868 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.61 Å2 / Biso mean: 39.0355 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→28.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1306 0 6 173 1485
Biso mean--46.54 53.43 -
残基数----165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.83-1.910.31881090.250424662575100
1.91-2.010.2721250.214224732598100
2.01-2.140.22781500.191524122562100
2.14-2.310.22761280.186124662594100
2.31-2.540.23371350.181224682603100
2.54-2.90.22841220.178324852607100
2.91-3.660.19061490.164124822631100
3.66-28.090.19491400.15652558269899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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