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- PDB-1o9r: The X-ray crystal structure of Agrobacterium tumefaciens Dps, a m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9r
タイトルThe X-ray crystal structure of Agrobacterium tumefaciens Dps, a member of the family that protect DNA without binding
要素AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
キーワードIRON-BINDING PROTEIN / DNA PROTECTION FROM OXIDATIVE DAMAGE / DNA-BINDING / IRON- BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Ilari, A. / Ceci, P. / Chiancone, E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Dps Protein of Agrobacterium Tumefaciens Does not Bind to DNA But Protects It Toward Oxidative Cleavage: X-Ray Crystal Structure, Iron Binding, and Hydroxyl-Radical Scavenging Properties
著者: Ceci, P. / Ilari, A. / Falvo, E. / Chiancone, E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of the Neutrophil-Activating Protein from Helicobacter Pylori
著者: Zanotti, G. / Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Battistutta, R. / Seveso, M. / Giudice, G.D. / Rappuoli, R. / Montecucco, C.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure of Two Iron-Binding Proteins from Bacillus Anthracis
著者: Papinutto, E. / Dundon, W.G. / Pitulis, N. / Battistutta, R. / Montecucco, C. / Zanotti, G.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Dodecameric Ferritin from Listeria Innocua Contains a Novel Intersubunit Iron-Binding Site
著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D.
#4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The Crystal Structure of Dps, a Ferritin Homolog that Binds and Protects DNA
著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Finkel, S.E. / Kolter, R. / Hogle, J.M.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
B: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
C: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
D: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
E: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
F: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,72415
ポリマ－107,0836
非ポリマー6419
水13,349741
1
A: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
B: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
C: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
D: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
E: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
F: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
ヘテロ分子

A: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
B: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
C: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
D: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
E: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
F: AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,44830
ポリマ－214,16512
非ポリマー1,28318
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.046, 90.349, 105.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99802, -0.06293, 0.00092), (-0.06293, 0.99802, 0.00124), (-0.001, 0.00118, -1)108.80263, 3.4124, 52.85859
2given(-0.03312, 0.00097, -0.99945), (0.99892, 0.03275, -0.03307), (0.0327, -0.99946, -0.00205)81.17609, -8.347, 69.90175
3given(-0.03425, -0.00216, 0.99941), (0.99894, 0.03057, 0.0343), (-0.03062, 0.99953, 0.00111)28.50481, -10.10266, -17.10289
4given(-0.03446, 0.99888, 0.03252), (-0.00288, 0.03244, -0.99947), (-0.9994, -0.03454, 0.00176)8.81218, 70.27877, 80.84787
5given(-0.03409, 0.99891, -0.03203), (0.00208, 0.03212, 0.99948), (0.99942, 0.034, -0.00317)10.49781, 17.24392, -27.91645

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要素

#1: タンパク質
AGROBACTERIUM TUMEFACIENS DPS / DNA-BINDING PROTEIN / DPS-AT


分子量: 17847.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (植物への病原性)
株: GV3101 / プラスミド: PET11-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UCK6
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7.5
詳細: HEPES 0.1 M, PH 7.0-7.8, ETHYLENE GLYCOL IN A RANGE BETWEEN 16%-24% V/V
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mMTris-HCl1droppH7.5
2200 mM1dropNaCl
37 mg/mlprotein1drop
40.1 MHEPES1reservoirpH7.0-7.8
516-24 %(v/v)ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 179135 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 12.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 96 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DPS

1dps


解像度: 1.45→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 -5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.18 178396 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7495 0 26 741 8262
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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