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- PDB-6tb2: Structure of human haptoglobin-hemoglobin bound to S. aureus IsdH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tb2
タイトルStructure of human haptoglobin-hemoglobin bound to S. aureus IsdH
要素
  • Cell wall surface anchor family protein
  • Haptoglobin
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードMETAL TRANSPORT / Hemoglobin receptor / heme acquisition / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / cell wall / nitric oxide transport / hemoglobin binding / immune system process / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption ...negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / cell wall / nitric oxide transport / hemoglobin binding / immune system process / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / antioxidant activity / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / acute-phase response / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / defense response / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / specific granule lumen / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / defense response to bacterium / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein H / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / YSIRK type signal peptide / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily ...Iron-regulated surface determinant protein H / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / YSIRK type signal peptide / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Hemoglobin, pi / YSIRK Gram-positive signal peptide / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Haptoglobin receptor A / Haptoglobin / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mikkelsen, J.H. / Andersen, C.B.F.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR191-2015-733 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Haptoglobin is an inhibitor of Staphylococcus aureus IsdH-mediated heme-sequestering
著者: Mikkelsen, J.H. / Runager, K.S. / Andersen, C.B.F.
履歴
登録2019年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Haptoglobin
D: Cell wall surface anchor family protein
E: Cell wall surface anchor family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0057
ポリマ－142,7725
非ポリマー1,2332
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area55140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.100, 86.770, 217.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: タンパク質 Haptoglobin / Zonulin


分子量: 29787.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HP / プラスミド: pcDNA5 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00738
#4: タンパク質 Cell wall surface anchor family protein / Haptoglobin-binding heme uptake protein HarA / Heme transporter HarA


分子量: 40971.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: isdH, EP54_00915, EQ90_06455, HMPREF3211_02292, NCTC10654_01789
プラスミド: pET22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E8IWL6, UniProt: Q2FXJ2*PLUS
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→78.46 Å / Num. obs: 35967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 117.56 Å2 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.12
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 3445 / Rrim(I) all: 2.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WJG,4XS0

4wjg

4xs0


解像度: 2.9→78.46 Å / SU ML: 0.4993 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.5822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 1994 5.54 %
Rwork0.235 33969 -
obs0.237 35963 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 134.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→78.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9621 0 86 0 9707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006410003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134513632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06271491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.245936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.39251280.41992128X-RAY DIFFRACTION89.03
2.97-3.050.43271430.39422362X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.39081430.35922421X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.38931350.34812432X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.360.34081490.31972425X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.490.31461350.32022401X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.33311490.30282444X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.840.34691380.28932407X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.080.3051470.26552428X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.40.30711440.23892451X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.840.2371400.20492474X-RAY DIFFRACTION100
4.84-5.540.27291440.21212465X-RAY DIFFRACTION100
5.54-6.980.25851480.25152494X-RAY DIFFRACTION99.85
6.98-78.460.2111510.17942637X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.02043496112-4.445729500472.9839631012210.2478965403-1.763502475373.189611547510.249580618532-0.0019983763755-0.873530628373-0.119398524844-0.06605587532161.39259847950.276020603595-0.227668160909-0.1557359142080.5411354950680.02750213345730.1746273287211.051725134560.189301090750.8528221270282.83003253575-5.69143662869-26.7295558862
210.0367638461-3.7818146464.033016252163.156177066640.4983159511274.170509084120.693875066669-0.141535983497-0.655285018770.01621957271690.1957714702040.480361650291.689711626240.929876400892-0.5100888042331.188795864010.04667081368850.2943306749340.9999815132170.1953592764581.0069958727616.3661434304-17.2544971003-17.4689208041
38.569399402430.888320366963-1.126981037546.261602208640.9168279960635.06600683796-0.483476094967-1.25323662893-2.07349569873.18323523316-0.3775082450480.4653674192151.08182991958-0.6258083407310.2367623616730.982837216473-0.1003522885830.3101228555421.321531155040.2259460549641.17945462643.68632458929-12.4747117491-15.4889216875
42.14951090996-0.837689464434-0.1446863844415.792194723660.4853676752745.70487592822-0.889531015266-1.969652599191.746228253921.347647039790.413482012379-0.788217533952-1.11956365009-0.8459506742910.03231691805081.1892367253-0.01734985573450.1695331684361.109341029340.02751326444811.075339624912.53619882550.729752864087-13.2401949364
56.35273113373-0.2134341576030.5031003607215.364006208430.1966704863474.810607215380.4991222820860.7733848765080.2607684214660.210074455764-0.2539135362890.242612170332-0.00444151595251-0.2265395126080.06516784579590.6799836375410.07300266703070.2931341375940.8205220822890.1594264341690.83969693561410.4591498256-4.51492867386-26.8571999225
65.41487547601-5.1215162314-1.430262570879.2804382839-3.598354003095.537933572010.550007709760.0325975084956-1.586074496141.56291067933-0.3699486994650.955087696425-0.9856590102440.2885888923410.1986533233051.21915648701-0.244151138974-0.00852204089231.17548355648-0.003235916098291.1270644208813.7939936643-28.3053714195-37.4365398929
78.48730270473.042501350271.913649752985.612139710331.934656604744.339444411220.02980155140871.623078514820.584101887737-0.8971846284690.256644838744-0.380342553798-0.6389402786570.899055145061-0.2870108896380.8247302792470.1961492052970.2048309175991.194786110770.2960685419020.99783443271814.8971140063-2.69376219742-45.9152250581
82.818100667713.077971600170.07278100465319.10058442904-4.070022997183.90013766663-0.8733000108910.181195593339-0.490686686223-1.290806712190.877727273155-2.97409859593-0.1167472118450.229013691714-0.04451542009491.23223383950.09110605714040.1433614877041.48164372865-0.3712937089021.4200704867923.6405302374-17.0615471885-46.8841443334
93.7144541785-0.921811188062.132323451577.746013082372.077836805627.75958822137-0.113808672304-0.1117518764680.694407963224-0.7809251449860.152497546305-0.732216950960.1543108520530.0314176898719-0.03382103709510.6157910616240.13137003750.1928963158080.8068005494380.1162194392930.76116913246518.6309578204-15.0864455717-37.2926222626
104.252213014573.82295250163-0.3982743880034.96464216682-2.660769517074.76421237117-0.04673374225380.266118035901-0.6833337616660.2276202274490.133026984576-0.738168927616-0.1191141873890.428194906238-0.212365705410.8066430996580.04551865815330.194780136430.8471814483190.01573737449471.0909683526538.90678195051.63556370906-29.4181699881
114.77691618521.810170972561.597460626864.191042587831.518447580856.454526564390.260886791014-1.001466177430.2884459715261.322164637270.175163583577-0.2925861042220.58955647634-0.601714741364-0.5245567149280.9660156746730.00265612571784-0.03877608834490.937381821998-0.01661102399911.0726646210740.65240053644.06084678537-11.5053478095
125.950140742022.66453492251.579051361245.887189139060.2451803030933.67545741666-0.4251427629130.336122308873-0.7830691983370.8954538688180.372362650277-0.8169682981671.990090597611.98420966613-0.03237711025181.00375301560.203406796310.07374650716331.142221563950.03177037784721.5805865620645.1193197733-5.60191542049-21.3373938756
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 43 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 71 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 72 through 94 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 17 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 18 through 57 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 58 through 94 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 95 through 146 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 148 through 190 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 191 through 220 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 221 through 232 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 233 through 267 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 268 through 305 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 306 through 341 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 342 through 367 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 368 through 406 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 323 through 505 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 506 through 655 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 323 through 489 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 490 through 655 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る