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- PDB-6tb2: Structure of human haptoglobin-hemoglobin bound to S. aureus IsdH -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tb2 | ||||||
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Title | Structure of human haptoglobin-hemoglobin bound to S. aureus IsdH | ||||||
![]() |
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![]() | METAL TRANSPORT / Hemoglobin receptor / heme acquisition / inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / cell wall / nitric oxide transport / hemoglobin binding / immune system process / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption ...negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / cell wall / nitric oxide transport / hemoglobin binding / immune system process / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / antioxidant activity / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / acute-phase response / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / defense response / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / specific granule lumen / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / defense response to bacterium / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mikkelsen, J.H. / Andersen, C.B.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Haptoglobin is an inhibitor of Staphylococcus aureus IsdH-mediated heme-sequestering Authors: Mikkelsen, J.H. / Runager, K.S. / Andersen, C.B.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 569.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 422.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15150.353 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 15890.198 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() | ||||
#3: Protein | Mass: 29787.883 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
#4: Protein | Mass: 40971.746 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: isdH, EP54_00915, EQ90_06455, HMPREF3211_02292, NCTC10654_01789 Plasmid: pET22B(+) / Production host: ![]() ![]() #5: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 20 % w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→78.46 Å / Num. obs: 35967 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 117.56 Å2 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 3445 / Rrim(I) all: 2.96 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WJG,4XS0 Resolution: 2.9→78.46 Å / SU ML: 0.4993 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 32.5822 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 134.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→78.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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