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万見
- PDB-6taz: Timeless couples G quadruplex detection with processing by DDX11 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6taz
タイトルTimeless couples G quadruplex detection with processing by DDX11 during DNA replication
要素Protein timeless homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein / 3-helix bundle / tandem repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bleomycin / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / cellular response to hydroxyurea / DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / positive regulation of double-strand break repair / branching morphogenesis of an epithelial tube ...cellular response to bleomycin / detection of abiotic stimulus / replication fork arrest / cell cycle phase transition / cellular response to cisplatin / cellular response to hydroxyurea / DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / positive regulation of double-strand break repair / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / morphogenesis of an epithelium / lung development / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / cell division / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein timeless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lerner Koch, L. / Holzer, S. / Kilkenny, M.L. / Murat, P. / Svikovic, S. / Schiavone, D. / Bittleston, A. / Maman, J.D. / Branzei, D. / Stott, K. ...Lerner Koch, L. / Holzer, S. / Kilkenny, M.L. / Murat, P. / Svikovic, S. / Schiavone, D. / Bittleston, A. / Maman, J.D. / Branzei, D. / Stott, K. / Pellegrini, L. / Sale, E.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust104641/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Timeless couples G-quadruplex detection with processing by DDX11 helicase during DNA replication.
著者: Lerner, L.K. / Holzer, S. / Kilkenny, M.L. / Svikovic, S. / Murat, P. / Schiavone, D. / Eldridge, C.B. / Bittleston, A. / Maman, J.D. / Branzei, D. / Stott, K. / Pellegrini, L. / Sale, J.E.
履歴
登録2019年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein timeless homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3601
ポリマ－16,3601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein timeless homolog / hTIM


分子量: 16359.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMELESS, TIM, TIM1, TIMELESS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNS1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] TimDBD, 10 mM NA sodium phosphate, 40 mM NA potassium chloride, 0.5 mM NA EDTA, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTimDBD[U-13C; U-15N]1
10 mMsodium phosphateNA1
40 mMpotassium chlorideNA1
0.5 mMEDTANA1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: 1 / pH: 6.4 / 圧: atmospheric bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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