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- PDB-6t9t: Matriptase in complex with the synthetic inhibitor (S)-3-(3-(4-(3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9t
タイトルMatriptase in complex with the synthetic inhibitor (S)-3-(3-(4-(3-(tert-butyl)ureido)piperidin-1-yl)-2-((3'-fluoro-4'-(hydroxymethyl)-[1,1'-biphenyl])-3-sulfonamido)-3-oxopropyl)benzimidamide (MI-1904)
要素Suppressor of tumorigenicity 14 protein
キーワードHYDROLASE / Matriptase / Complex / Ligand-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


matriptase / epithelial cell morphogenesis involved in placental branching / Formation of the cornified envelope / keratinocyte differentiation / serine-type peptidase activity / neural tube closure / protein catabolic process / basolateral plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane ...matriptase / epithelial cell morphogenesis involved in placental branching / Formation of the cornified envelope / keratinocyte differentiation / serine-type peptidase activity / neural tube closure / protein catabolic process / basolateral plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / proteolysis / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, matripase / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily ...Peptidase S1A, matripase / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MXH / Suppressor of tumorigenicity 14 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Mueller, J.M. / Merkl, S. / Keils, A. / Pilgram, O. / Steinmetzer, T.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Improving the selectivity of 3-amidinophenylalanine-derived matriptase inhibitors
著者: Pilgram, O. / Keils, A. / Benary, G.E. / Muller, J. / Merkl, S. / Ngaha, S. / Huber, S. / Chevillard, F. / Harbig, A. / Magdolen, V. / Heine, A. / Bottcher-Friebertshauser, E. / Steinmetzer, T.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_validate_torsion.phi ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_high / _struct_conn.pdbx_dist_value
解説: Ligand geometry
詳細: Data was re-evaluated and an alternative conformation of ligand was deemed reasonable. The structure was then refined further to reflect the best model fit.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of tumorigenicity 14 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1363
ポリマ－26,4481
非ポリマー6882
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.687, 80.408, 40.714
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-541-

HOH

31A-571-

HOH

41A-610-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Suppressor of tumorigenicity 14 protein / Matriptase / Membrane-type serine protease 1 / MT-SP1 / Prostamin / Serine protease 14 / Serine ...Matriptase / Membrane-type serine protease 1 / MT-SP1 / Prostamin / Serine protease 14 / Serine protease TADG-15 / Tumor-associated differentially-expressed gene 15 protein


分子量: 26447.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ST14, PRSS14, SNC19, TADG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5Y6, matriptase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MXH / 1-~{tert}-butyl-3-[1-[(2~{S})-3-(3-carbamimidoylphenyl)-2-[[3-[3-fluoranyl-4-(hydroxymethyl)phenyl]phenyl]sulfonylamino ]propanoyl]piperidin-4-yl]urea / (S)-3-(3-(4-(3-(tert-butyl)ureido)piperidin-1-yl)-2-((3'-fluoro-4'-(hydroxymethyl)-[1,1'-biphenyl])-3-sulfonamido)-3-ox opropyl)benzimidamide


分子量: 652.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H41FN6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.6, 2 M Sodium formate, protein concentration 7 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68644987696→50 Å / Num. obs: 27322 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 18.9933085518 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 13.48
反射 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 3.82 % / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique obs: 4365 / CC1/2: 0.815 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GV6

2gv6


解像度: 1.69→40.5119860988 Å / SU ML: 0.178274532055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35315402303 / 位相誤差: 22.778754605
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201903857021 1352 5.00351578402 %
Rwork0.170323632146 25669 -
obs0.171933711265 27021 97.4853885562 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.5897796376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→40.5119860988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 47 211 2086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009364506448352009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.013118681172748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0669269745891283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00786004161302404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77201566041198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.74670.3224460114021340.2381466825752534X-RAY DIFFRACTION96.5267727931
1.7467-1.81670.2865808434031360.2070772285652591X-RAY DIFFRACTION99.3442622951
1.8167-1.89930.2322724428931370.199525104792598X-RAY DIFFRACTION99.0583122057
1.8993-1.99950.2891029094711290.2729713649882451X-RAY DIFFRACTION93.2754880694
1.9995-2.12470.2129191818651380.1682987809392622X-RAY DIFFRACTION99.2448759439
2.1247-2.28880.2982621489481280.2165546010162432X-RAY DIFFRACTION93.1586608443
2.2888-2.51910.2028092188261370.1611422337222604X-RAY DIFFRACTION98.6326016553
2.5191-2.88350.2080913612581370.1661900810992602X-RAY DIFFRACTION98.7027027027
2.8835-3.63260.1615748645181370.1480509760132608X-RAY DIFFRACTION98.8476773497
3.6326-40.51198609880.1500303584971390.1385417653752627X-RAY DIFFRACTION98.0155917789
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.466848364001-0.1875582864270.01157035788451.589698204810.5802271398510.339215320372-0.00346996544577-0.0533944184198-0.1307564143690.0814615800226-0.04356747416980.2092537824210.0749554761847-0.08060655438655.04539356004E-50.140088166065-0.01124636918920.01324624303510.1506120463070.01671499138970.1679865030512.558211976-22.583428290145.9926547162
20.834203301316-0.0317942879029-0.09066124466770.5879860910280.2839585116190.154709175845-0.0582405142634-0.122291442714-0.146794755738-0.001061820002270.0508850129564-0.02950667114720.108223220823-0.0174796806477-4.20205183738E-70.167355027380.002813629266840.0003374171075530.1520089380190.03117149691310.1407162959621.6547196701-22.71416660748.347091189
30.108255377706-0.0823650671926-0.07487380621510.10037525036-0.02756622943450.2227165518430.0835964818841-0.0292851416620.0647455120451-0.0635874095634-0.0282503343382-0.0903581518331-0.07344344147070.03827887194358.62504193415E-80.1655657802390.01029926337660.01108202841950.139130644968-0.002129102350390.17401441979223.3407114232-4.5257409936941.8148993866
40.458039192891-0.4662270418470.1816985851110.559995506366-0.05830930232930.226619946472-0.0397146218791-0.1823472707850.079615747212-0.00353923296706-0.04234400746710.196283505152-0.0727131852323-0.1442164139890.0006205146451840.1234750806530.00117600389198-0.007412386544140.164699624793-0.03168806202770.16246817357412.3275062877-4.6366324360549.846977247
50.855246977867-0.5061554409050.263001880160.737047664805-0.0779784241670.07019343708910.0238511105864-0.01610994503330.0820786949644-0.00482645577972-0.01690702682110.0518699312849-0.06931774660230.00848306850995-6.83076148693E-60.1482136146490.00874123334255-0.001234062860570.143026736110.002283619135870.12575003165419.1831741446-8.0041108492747.5749642174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 80 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 140 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 141 through 179 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 180 through 244 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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