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- PDB-6t9v: Bovine Trypsin in complex with the synthetic inhibitor (S)-3-(3-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9v
タイトルBovine Trypsin in complex with the synthetic inhibitor (S)-3-(3-(4-(3-(tert-butyl)ureido)piperidin-1-yl)-2-((3'-fluoro-4'-(hydroxymethyl)-[1,1'-biphenyl])-3-sulfonamido)-3-oxopropyl)benzimidamide (MI-1904)
要素Cationic Trypsin
キーワードHYDROLASE / Trypsine / complex / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MXH / trifluoroacetic acid / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12642724334 Å
データ登録者Merkl, S. / Keils, A. / Mueller, J.M. / Pilgram, O. / Steinmetzer, T.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Improving the selectivity of 3-amidinophenylalanine-derived matriptase inhibitors
著者: Pilgram, O. / Keils, A. / Benary, G.E. / Muller, J. / Merkl, S. / Ngaha, S. / Huber, S. / Chevillard, F. / Harbig, A. / Magdolen, V. / Heine, A. / Bottcher-Friebertshauser, E. / Steinmetzer, T.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Model completeness
詳細: Re-evaluation of the data showed, that the structure had not reached convergence during refinement. Re-refinement with different parameters lead to a better model, which incorporated an ...詳細: Re-evaluation of the data showed, that the structure had not reached convergence during refinement. Re-refinement with different parameters lead to a better model, which incorporated an alternative conformation for the ligand, which could not be included previously. Additionally, the ligand was added as a trifluoroacetic acid salt and the trifluoroacetic acid ion was missing.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic Trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7696
ポリマ－25,8061
非ポリマー9635
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.464, 55.464, 109.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-583-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cationic Trypsin


分子量: 25806.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin

-
非ポリマー , 5種, 228分子

#2: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MXH / 1-~{tert}-butyl-3-[1-[(2~{S})-3-(3-carbamimidoylphenyl)-2-[[3-[3-fluoranyl-4-(hydroxymethyl)phenyl]phenyl]sulfonylamino ]propanoyl]piperidin-4-yl]urea / (S)-3-(3-(4-(3-(tert-butyl)ureido)piperidin-1-yl)-2-((3'-fluoro-4'-(hydroxymethyl)-[1,1'-biphenyl])-3-sulfonamido)-3-ox opropyl)benzimidamide


分子量: 652.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C33H41FN6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Imidazole pH 8.0, 100 mM Ammoniumsulfate, 20-25 % PEG8000, 0.1% Sodium-azide, 1 mM Ligand, Protein at 10-20 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12642724334→50 Å / Num. obs: 73657 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.487 % / Biso Wilson estimate: 11.5821453576 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.14
反射 シェル解像度: 1.13→1.19 Å / 冗長度: 8.81 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 11320 / CC1/2: 0.935 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2zfs

2zfs


解像度: 1.12642724334→43.9639433495 Å / SU ML: 0.086835831964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37586679908 / 位相誤差: 12.5503789131
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152140034655 3683 5.00088258856 %
Rwork0.13016570159 69964 -
obs0.131242213971 73647 99.1865429422 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.2720204377 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12642724334→43.9639433495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1616 0 59 223 1898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007400610706261876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9610889071282580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0843462236537279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00695515555333380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8216357032725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.12642724334-1.14120.2558712317521130.2196516523292153X-RAY DIFFRACTION81.0443490701
1.1412-1.15690.1891526403361450.1657914789212738X-RAY DIFFRACTION99.9653259362
1.1569-1.17340.1897454262411380.1565654405512639X-RAY DIFFRACTION99.6769562096
1.1734-1.19090.1862267773631410.1395908862992666X-RAY DIFFRACTION99.9643874644
1.1909-1.20950.1548458923331400.127046293352658X-RAY DIFFRACTION99.7504456328
1.2095-1.22940.1304928612581420.1183898275712705X-RAY DIFFRACTION99.9297999298
1.2294-1.25060.16593576541390.1159938363262648X-RAY DIFFRACTION99.7851772288
1.2506-1.27330.150934859751420.1220735664822692X-RAY DIFFRACTION99.8238816485
1.2733-1.29780.1571999368221420.1280940239592704X-RAY DIFFRACTION99.7546442341
1.2978-1.32430.1503249731721410.1121249672222673X-RAY DIFFRACTION99.9644760213
1.3243-1.35310.1449028815181420.1113845962622687X-RAY DIFFRACTION99.964664311
1.3531-1.38460.1501092343911410.1145538044832692X-RAY DIFFRACTION99.9647141849
1.3846-1.41920.142643131321410.1068206642492673X-RAY DIFFRACTION99.8226321391
1.4192-1.45760.1499926315141420.1058771682782706X-RAY DIFFRACTION99.8947737636
1.4576-1.50050.1511644577771420.1010427376922699X-RAY DIFFRACTION99.9296517763
1.5005-1.54890.1381120068481430.102765465262707X-RAY DIFFRACTION99.9649245879
1.5489-1.60430.1288006180191410.1037805890972683X-RAY DIFFRACTION100
1.6043-1.66850.1277287566051420.1034679149752699X-RAY DIFFRACTION99.9296517763
1.6685-1.74440.1413241841641430.1113717153172717X-RAY DIFFRACTION99.8952148096
1.7444-1.83640.1344250144671430.1193894306852709X-RAY DIFFRACTION99.9649491763
1.8364-1.95150.1453286468631430.1155572086192722X-RAY DIFFRACTION99.9302406697
1.9515-2.10210.1527876030991450.120765247012753X-RAY DIFFRACTION99.9310344828
2.1021-2.31370.1472767116681440.1212519425432744X-RAY DIFFRACTION99.8962296783
2.3137-2.64840.1436115616541460.1311611549762763X-RAY DIFFRACTION99.9656357388
2.6484-3.33660.1592614581621470.1481503987392788X-RAY DIFFRACTION99.8638992855
3.3366-43.96394334950.1638771660421550.1564081727172946X-RAY DIFFRACTION99.9677627337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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