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- PDB-6t9f: CRYSTAL STRUCTURE OF EN ENDOGLUCANASE S308P FROM PENICILLIUM VERR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EN ENDOGLUCANASE S308P FROM PENICILLIUM VERRUCULOSUM
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / ENDOHYDROLYSIS / CELLULOSE
機能・相同性Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / cellulase / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase
機能・相同性情報
生物種Talaromyces verruculosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24847339752 Å
データ登録者Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF EN ENDOGLUCANASE S308P FROM PENICILLIUM VERRUCULOSUM
著者: Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9158
ポリマ－138,6234
非ポリマー1,2914
水1,29772
1
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0802
ポリマ－34,6561
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8772
ポリマ－34,6561
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0802
ポリマ－34,6561
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8772
ポリマ－34,6561
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.358, 77.391, 90.923
Angle α, β, γ (deg.)81.807, 76.690, 75.864
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Endoglucanase


分子量: 34655.840 Da / 分子数: 4 / 変異: S308P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces verruculosus (菌類) / 発現宿主: Penicillium canescens (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1U3
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate, PIPES pH 7.0, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→59.75 Å / Num. obs: 198022 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.5443636046 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.93
反射 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / Num. unique obs: 8958 / CC1/2: 0.687

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I6S

5i6s


解像度: 2.24847339752→59.75 Å / SU ML: 0.36997125315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95835266787 / 位相誤差: 32.0032317018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256007360772 2808 4.97960631318 %
Rwork0.217910402858 --
obs0.219809562325 56390 97.7177812051 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.5060772505 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24847339752→59.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9473 0 84 72 9629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008660598878049837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99903817592813462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05584277393631448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007615372819091751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.42527774963346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2485-2.28720.3918643614351190.352550X-RAY DIFFRACTION92.4168975069
2.2872-2.32880.3555869217241450.3284063022942679X-RAY DIFFRACTION97.2451790634
2.3288-2.37360.3700623492261410.2990785121272709X-RAY DIFFRACTION97.2364380757
2.3736-2.42210.365645126461440.2966726043072621X-RAY DIFFRACTION97.5308641975
2.4221-2.47470.3840346256891480.2880626632432650X-RAY DIFFRACTION97.5592747559
2.4747-2.53230.2793045350341450.2723153273742658X-RAY DIFFRACTION97.2926067338
2.5323-2.59560.3379699887561140.2744603496912732X-RAY DIFFRACTION97.7335164835
2.5956-2.66580.3277881571151430.2624925202252667X-RAY DIFFRACTION97.7391304348
2.6658-2.74430.3246276148811290.2574601322992662X-RAY DIFFRACTION97.7583187391
2.7443-2.83280.2913077241991110.2577087435292737X-RAY DIFFRACTION97.8357952594
2.8328-2.93410.2793996756381450.2596087046472681X-RAY DIFFRACTION98.2614742698
2.9341-3.05160.2927407199631290.2347906662842685X-RAY DIFFRACTION98.0146290491
3.0516-3.19040.2684096400431570.2296521764142697X-RAY DIFFRACTION98.4137931034
3.1904-3.35860.2818864119691740.2216869969372695X-RAY DIFFRACTION98.2534246575
3.3586-3.5690.2549968601591540.1930138380752632X-RAY DIFFRACTION98.0295566502
3.569-3.84460.2370139093441450.192056975522714X-RAY DIFFRACTION98.6542443064
3.8446-4.23140.1940610874981330.1574020665582698X-RAY DIFFRACTION98.4353268428
4.2314-4.84340.1849689338881590.1512589568162706X-RAY DIFFRACTION98.7931034483
4.8434-6.10120.1760066508731410.1832536061452695X-RAY DIFFRACTION98.780912574
6.1012-59.750.2195462436061320.1920130013782714X-RAY DIFFRACTION98.4434451747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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