PDB-6t9f: CRYSTAL STRUCTURE OF EN ENDOGLUCANASE S308P FROM PENICILLIUM VERR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t9f

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF EN ENDOGLUCANASE S308P FROM PENICILLIUM VERRUCULOSUM

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / ENDOHYDROLYSIS / CELLULOSE

機能・相同性

glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / cellulase

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces verruculosus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24847339752 Å

データ登録者

Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF EN ENDOGLUCANASE S308P FROM PENICILLIUM VERRUCULOSUM
著者: Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t9f.cif.gz	244 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t9f.ent.gz	194.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t9f_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t9f_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6t9f_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	6t9f_validation.cif.gz	59.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i6sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6t9g-3 5l9c-1 5l9c-2 5i79-2 6yon-3 5i79-1 6yon-2 6tpc-1 6yon-1 5l9c-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

C: Endoglucanase

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.358, 77.391, 90.923
Angle α, β, γ (deg.)	81.807, 76.690, 75.864
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質

Endoglucanase

分子量: 34655.840 Da / 分子数: 4 / 変異: S308P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Talaromyces verruculosus (菌類) / 発現宿主:

Penicillium canescens (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1U3

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate, PIPES pH 7.0, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→59.75 Å / Num. obs: 198022 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.5443636046 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.93
反射シェル	解像度: 2.24→2.38 Å / Num. unique obs: 8958 / CC_1/2: 0.687

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I6S

5i6s

解像度: 2.24847339752→59.75 Å / SU ML: 0.36997125315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95835266787 / 位相誤差: 32.0032317018

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256007360772	2808	4.97960631318 %
R_work	0.217910402858	-	-
obs	0.219809562325	56390	97.7177812051 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.5060772505 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24847339752→59.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9473	0	84	72	9629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00866059887804	9837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999038175928	13462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0558427739363	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00761537281909	1751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.4252777496	3346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2485-2.2872	0.391864361435	119	0.35	2550	X-RAY DIFFRACTION	92.4168975069
2.2872-2.3288	0.355586921724	145	0.328406302294	2679	X-RAY DIFFRACTION	97.2451790634
2.3288-2.3736	0.370062349226	141	0.299078512127	2709	X-RAY DIFFRACTION	97.2364380757
2.3736-2.4221	0.36564512646	144	0.296672604307	2621	X-RAY DIFFRACTION	97.5308641975
2.4221-2.4747	0.384034625689	148	0.288062663243	2650	X-RAY DIFFRACTION	97.5592747559
2.4747-2.5323	0.279304535034	145	0.272315327374	2658	X-RAY DIFFRACTION	97.2926067338
2.5323-2.5956	0.337969988756	114	0.274460349691	2732	X-RAY DIFFRACTION	97.7335164835
2.5956-2.6658	0.327788157115	143	0.262492520225	2667	X-RAY DIFFRACTION	97.7391304348
2.6658-2.7443	0.324627614881	129	0.257460132299	2662	X-RAY DIFFRACTION	97.7583187391
2.7443-2.8328	0.291307724199	111	0.257708743529	2737	X-RAY DIFFRACTION	97.8357952594
2.8328-2.9341	0.279399675638	145	0.259608704647	2681	X-RAY DIFFRACTION	98.2614742698
2.9341-3.0516	0.292740719963	129	0.234790666284	2685	X-RAY DIFFRACTION	98.0146290491
3.0516-3.1904	0.268409640043	157	0.229652176414	2697	X-RAY DIFFRACTION	98.4137931034
3.1904-3.3586	0.281886411969	174	0.221686996937	2695	X-RAY DIFFRACTION	98.2534246575
3.3586-3.569	0.254996860159	154	0.193013838075	2632	X-RAY DIFFRACTION	98.0295566502
3.569-3.8446	0.237013909344	145	0.19205697552	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.6542443064
3.8446-4.2314	0.194061087498	133	0.157402066558	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.4353268428
4.2314-4.8434	0.184968933888	159	0.151258956816	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.7931034483
4.8434-6.1012	0.176006650873	141	0.183253606145	2695	X-RAY DIFFRACTION	98.780912574
6.1012-59.75	0.219546243606	132	0.192013001378	2714	X-RAY DIFFRACTION	98.4434451747

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