[日本語] English
万見
- PDB-6t9e: Crystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human PDGF -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9e
タイトルCrystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human PDGF
要素
  • DutaFab mat VH chain
  • DutaFab mat VL chain
  • Platelet-derived growth factor subunit B
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / bispecific antibody / Fab fragment / PDGF
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / platelet-derived growth factor complex / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / positive regulation of glomerular filtration / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cellular response to mycophenolic acid / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity ...metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / platelet-derived growth factor complex / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / positive regulation of glomerular filtration / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cellular response to mycophenolic acid / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / protein kinase C signaling / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / platelet-derived growth factor binding / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of chemotaxis / Signaling by PDGF / paracrine signaling / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of platelet activation / embryonic placenta development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / collagen binding / reactive oxygen species metabolic process / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic nuclear division / cell chemotaxis / negative regulation of miRNA transcription / platelet alpha granule lumen / negative regulation of protein binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / growth factor activity / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / Golgi lumen / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / heart development / gene expression / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-derived growth factor subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.989 Å
データ登録者Kimbung, R. / Logan, D.T. / Beckmann, R. / Jensen, K. / Speck, J. / Fenn, S. / Kettenberger, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: DutaFabs are engineered therapeutic Fab fragments that can bind two targets simultaneously.
著者: Beckmann, R. / Jensen, K. / Fenn, S. / Speck, J. / Krause, K. / Meier, A. / Roth, M. / Fauser, S. / Kimbung, R. / Logan, D.T. / Steegmaier, M. / Kettenberger, H.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: DutaFab mat VH chain
BBB: DutaFab mat VL chain
CCC: Platelet-derived growth factor subunit B
DDD: Platelet-derived growth factor subunit B
HHH: DutaFab mat VH chain
LLL: DutaFab mat VL chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4796
ポリマ－119,4796
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area46940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.301, 75.474, 116.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.584, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains A H
21Chains B L
31Chains C D

-
要素

#1: 抗体 DutaFab mat VH chain


分子量: 23502.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DutaFab mat VL chain


分子量: 23923.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Platelet-derived growth factor subunit B / PDGF subunit B / PDGF-2 / Platelet-derived growth factor B chain / Platelet-derived growth factor ...PDGF subunit B / PDGF-2 / Platelet-derived growth factor B chain / Platelet-derived growth factor beta polypeptide / Proto-oncogene c-Sis


分子量: 12313.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human platelet-derived growth factor subunit B purchased from Peprotech
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGFB, PDGF2, SIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01127

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: DutaFab and PDGF-BB (Peprotech, catalogue number 100-13A) were mixed at a 1:1 molar ratio in relation to PDGF monomer. The complex was concentrated to 12 mg/ml and crystallization was ...詳細: DutaFab and PDGF-BB (Peprotech, catalogue number 100-13A) were mixed at a 1:1 molar ratio in relation to PDGF monomer. The complex was concentrated to 12 mg/ml and crystallization was performed by hanging drop vapour diffusion against 0.1 M Tris pH 7.5, 42 % 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) at 20 C. Plate-shaped crystals grew within a few weeks and were frozen in liquid nitrogen with 20% glycerol as cryo-protectant.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月3日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.989→30 Å / Num. obs: 29016 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.989→3.2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4371 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QCI

4qci


解像度: 2.989→29.735 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 49.23 / SU ML: 0.743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.5 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3044 1451 5.001 %
Rwork0.2531 --
all0.256 --
obs-29016 97.832 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.669 Å20 Å2-6.372 Å2
2---3.405 Å20 Å2
3---1.187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.989→29.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7935 0 0 0 7935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0128136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.64111059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.15151013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01522.312385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.121151326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8361544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.23568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.25423
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1890.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.20.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4896.294085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.9089.4255087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3386.2314051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8369.2885972
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.03182.54112005
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0660.056412
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0690.056551
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1120.052611
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.989-3.0660.525910.4617320.46321360.0410.04985.34640.41
3.066-3.1490.3951050.42620030.42421200.1490.15699.4340.366
3.149-3.2390.4191010.40619120.40720300.3750.3499.16260.355
3.239-3.3380.384990.37418820.37419890.3150.35699.59780.32
3.338-3.4460.369970.3418440.34119500.4490.48999.53850.294
3.446-3.5650.303920.30317430.30318420.6360.6499.620.25
3.565-3.6980.372890.30416960.30717960.560.6599.38750.255
3.698-3.8460.311860.24616400.24917400.7830.80699.19540.194
3.846-4.0140.271830.21415780.21716820.8460.85698.75150.177
4.014-4.2060.27800.20515120.20816070.8520.89299.06660.175
4.206-4.4290.269750.21614220.21915200.880.88998.48680.186
4.429-4.6910.22720.18713680.18914530.8990.999.10530.166
4.691-5.0060.249670.1812700.18313540.8840.92998.74450.158
5.006-5.3940.269620.19811830.20212640.8860.91398.49680.168
5.394-5.890.286590.22611130.22911920.8730.89698.32210.192
5.89-6.5530.43520.2439970.25210650.8190.88398.49770.208
6.553-7.5060.273470.2128970.2159610.8970.91798.2310.183
7.506-9.050.218400.1617650.1648260.9420.94897.45760.153
9.05-12.2440.255320.1646060.1686570.9210.95397.10810.163
12.244-29.7350.26220.2554020.2554400.9280.93296.36360.257

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る