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万見
- PDB-6t9a: Crystal structrue of RSL W31FW76F lectin mutant in complex with L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9a
タイトルCrystal structrue of RSL W31FW76F lectin mutant in complex with L-fucose
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / beta-propeller / fucose-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Fucose-binding lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Houser, J. / Kozmon, S. / Wimmerova, M.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: The CH-pi Interaction in Protein-Carbohydrate Binding: Bioinformatics and In Vitro Quantification.
著者: Houser, J. / Kozmon, S. / Mishra, D. / Hammerova, Z. / Wimmerova, M. / Koca, J.
履歴
登録2019年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
C: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,95817
ポリマ－28,9663
非ポリマー1,99214
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.262, 42.105, 44.020
Angle α, β, γ (deg.)116.400, 94.540, 115.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9655.491 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Double mutant W31F W76F
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: RSP795_21825, RSP799_05830, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 23% PEG 6000, 0.1M Glycine, 0.1M Tris/HCl, pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.15 Å / Num. all: 14315 / Num. obs: 14315 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 28355
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.063 / Rsym value: 0.047 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BT9

2bt9


解像度: 2→37.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.324 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.171
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 789 5.5 %RANDOM
Rwork0.1522 ---
obs0.1547 13517 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.58 Å2 / Biso mean: 23.392 Å2 / Biso min: 15.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-1.32 Å2-0.94 Å2
2--0.64 Å20.83 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→37.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 133 255 2365
Biso mean--23.13 34.44 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0132170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.732982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1371.6544237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4595262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.80121.75891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.37515262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.174159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02489
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 53 -
Rwork0.193 944 -
all-997 -
obs--95.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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