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万見
- PDB-6t8i: Crystal structure of wild type EndoBT-3987 from Bacteroides theta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t8i
タイトルCrystal structure of wild type EndoBT-3987 from Bacteroides thetaiotamicron VPI-5482
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F1
キーワードHYDROLASE / endo-b-N-acetylglucosaminidase / EndoBT / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hypothetical protein (bacova_03559) / Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich ...hypothetical protein (bacova_03559) / Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Trastoy, B. / Du, J.J. / Klontz, E.H. / Cifuente, J.O. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of mammalian high-mannose N-glycan processing by human gut Bacteroides.
著者: Trastoy, B. / Du, J.J. / Klontz, E.H. / Li, C. / Cifuente, J.O. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3783
ポリマ－49,1941
非ポリマー1842
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.578, 74.578, 133.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-N-acetylglucosaminidase F1


分子量: 49193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3987 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A0N4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium bromide, and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→58.143 Å / Num. obs: 85242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 8417 / CC1/2: 0.942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3POH

3poh


解像度: 1.4→58.143 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 4246 4.98 %
Rwork0.163 80984 -
obs0.1639 85230 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.79 Å2 / Biso mean: 25.6811 Å2 / Biso min: 10.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→58.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 0 27 271 3592
Biso mean--26.47 31.18 -
残基数----434
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.4-1.41590.21491350.22666
1.4159-1.43260.23071510.19272653
1.4326-1.45010.20831070.19142702
1.4501-1.46840.22251330.18092663
1.4684-1.48780.20861030.182712
1.4878-1.50810.23171250.17722680
1.5081-1.52970.18051260.16682682
1.5297-1.55250.16781550.16592680
1.5525-1.57680.18761480.16712667
1.5768-1.60260.19911230.16542651
1.6026-1.63030.20781530.1672697
1.6303-1.65990.17181690.16672647
1.6599-1.69180.16951490.16532645
1.6918-1.72640.17211330.16012685
1.7264-1.76390.19361770.16532642
1.7639-1.8050.17361330.15972708
1.805-1.85010.17831430.15772666
1.8501-1.90010.18241210.15612737
1.9001-1.9560.16331470.15322677
1.956-2.01920.19071770.15222685
2.0192-2.09130.14931330.14932666
2.0913-2.17510.1671530.15342670
2.1751-2.27410.16471190.15622762
2.2741-2.3940.17881510.15412693
2.394-2.5440.19431650.16072698
2.544-2.74040.19621370.16562742
2.7404-3.01620.17931270.16322745
3.0162-3.45260.18621430.15782764
3.4526-4.34960.15581600.14962778
4.3496-4.34960.20531500.18742921
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.1832 Å / Origin y: 19.8188 Å / Origin z: 63.9391 Å
111213212223313233
T0.1778 Å2-0.0474 Å20.0131 Å2-0.0874 Å2-0.0138 Å2--0.1543 Å2
L0.6261 °20.1438 °2-0.2534 °2-0.4309 °2-0.1848 °2--1.03 °2
S-0.0271 Å °0.0301 Å °-0.0027 Å °-0.1121 Å °0.002 Å °-0.0223 Å °0.0911 Å °0.0341 Å °0.0241 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 476
2X-RAY DIFFRACTION1allA701
3X-RAY DIFFRACTION1allS3 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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