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- PDB-6t8e: Crystal structure of native xylose isomerase from Piromyces E2 gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t8e
タイトルCrystal structure of native xylose isomerase from Piromyces E2 grown in yeast, in complex with xylose
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose catabolic process to ethanol / xylose isomerase / xylose isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, bacterial-type / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-xylose / beta-D-xylopyranose / alpha-D-xylopyranose / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Piromyces sp.
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Structure-based directed evolution improves S. cerevisiae growth on xylose by influencing in vivo enzyme performance.
著者: Lee, M. / Rozeboom, H.J. / Keuning, E. / de Waal, P. / Janssen, D.B.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
B: Xylose isomerase
C: Xylose isomerase
D: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,13141
ポリマ－197,8354
非ポリマー4,29637
水34,3551907
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38910 Å2
ΔGint-305 kcal/mol
Surface area53290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.454, 79.267, 91.878
Angle α, β, γ (deg.)115.460, 89.990, 117.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Xylose isomerase


分子量: 49458.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piromyces sp. (strain E2) (菌類) / 株: E2 / 遺伝子: xylA / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DS75543 / 参照: UniProt: Q9P8C9, xylose isomerase

-
糖 , 3種, 22分子

#3: 糖
ChemComp-XLS / D-xylose / D-XYLOSE (LINEAR FORM) / キシロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
#4: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1922分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 14-17 % PEG3350, HEPES, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月27日
放射モノクロメーター: HELIOS MX Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→46.6 Å / Num. obs: 135735 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.931 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique obs: 5669 / CC1/2: 0.286 / Rpim(I) all: 0.35 / Rrim(I) all: 0.518 / % possible all: 79.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC5.8.0238位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5NH5

5nh5


解像度: 1.86→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.711 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.12
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1763 6788 5 %RANDOM
Rwork0.1386 ---
obs0.1405 128946 93.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.52 Å2 / Biso mean: 18.438 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20.55 Å2-0.11 Å2
2---0.28 Å2-0.36 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13876 0 263 1907 16046
Biso mean--39.96 27.57 -
残基数----1744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01314490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.66319534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4431.60330438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68151756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6824.105760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.367152540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9471552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022992
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.909 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 454 -
Rwork0.254 8434 -
all-8888 -
obs--82.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19460.0032-0.00380.1258-0.01160.20240.019-0.05820.02330.04710.01040.0536-0.0176-0.0344-0.02940.02330.00440.0240.02860.00250.0282-9.7472-2.785360.5569
20.1959-0.00010.0420.0892-0.03370.17780.0109-0.039-0.0150.02950.0058-0.0280.00990.0471-0.01670.01280.0067-0.0130.0296-0.00770.013628.831-13.129457.0472
30.1967-0.0169-0.00510.1231-0.0190.19950.02410.04650.064-0.01020.00380.0005-0.03590.0156-0.02790.01110.00240.01310.01360.01390.025514.01589.179732.3022
40.2152-0.01810.00220.11590.02120.19710.01390.024-0.0536-0.01660.00180.02870.0409-0.0129-0.01560.015-0.0015-0.01170.004-0.00390.0206-0.2338-28.140536.0954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 454
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 454
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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