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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t87 | ||||||||||||
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タイトル | Urocanate reductase in complex with urocanate | ||||||||||||
![]() | Urocanate reductase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / urocanate reductase / bacterial enzyme | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() urocanate reductase / steroid metabolic process / FMN binding / oxidoreductase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Venskutonyte, R. / Lindkvist-Petersson, K. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the microbial enzyme urocanate reductase mediating imidazole propionate production. 著者: Venskutonyte, R. / Koh, A. / Stenstrom, O. / Khan, M.T. / Lundqvist, A. / Akke, M. / Backhed, F. / Lindkvist-Petersson, K. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 236.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 901.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 902.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49984.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Truncated UrdA, construct comprising residues 130-582 and a C-terminal 6xHis tag. 由来: (組換発現) ![]() 株: MR-1 / 遺伝子: urdA, SO_4620 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 605分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/URO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/URO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-URO / ( | ||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 27 % PEG8000 0.3 M (NH4)2SO4 0.1 M HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.56→45.23 Å / Num. obs: 83093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 1681179 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D4C 解像度: 1.56→45.227 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.46 Å2 / Biso mean: 26.4714 Å2 / Biso min: 14.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.56→45.227 Å
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