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- PDB-6t86: Urocanate reductase in complex with FAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t86
タイトルUrocanate reductase in complex with FAD
要素Urocanate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / urocanate reductase / bacterial enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


urocanate reductase / steroid metabolic process / FMN binding / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome c / FMN-binding / FMN-binding domain / FMN_bind / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Urocanate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Venskutonyte, R. / Lindkvist-Petersson, K.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-01319 スウェーデン
Swedish Research Council2017-05816 スウェーデン
European Research Council780659 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of the microbial enzyme urocanate reductase mediating imidazole propionate production.
著者: Venskutonyte, R. / Koh, A. / Stenstrom, O. / Khan, M.T. / Lundqvist, A. / Akke, M. / Backhed, F. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urocanate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,75215
ポリマ－49,9851
非ポリマー1,76814
水3,423190
1
A: Urocanate reductase
ヘテロ分子

A: Urocanate reductase
ヘテロ分子

A: Urocanate reductase
ヘテロ分子

A: Urocanate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,00860
ポリマ－199,9384
非ポリマー7,07056
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area20950 Å2
ΔGint-520 kcal/mol
Surface area64860 Å2
手法PISA
2
A: Urocanate reductase
ヘテロ分子

A: Urocanate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,50430
ポリマ－99,9692
非ポリマー3,53528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+11
Buried area10320 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area32590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.786, 159.786, 75.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Urocanate reductase


分子量: 49984.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Truncated UrdA, construct comprising residues 130-582 and a C-terminal 6xHis tag.
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: urdA, SO_4620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CVD0, urocanate reductase

-
非ポリマー , 6種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 2 M (NH4)2SO4 5% xylitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→46.13 Å / Num. obs: 18422 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 18.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 346148 / Scaling rejects: 1173
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.56-2.676.20.651220619730.8640.2740.712.689.1
8.87-46.1320.90.094112265370.9980.020.09627.399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2-3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D4C

1d4c


解像度: 2.56→46.126 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 916 5.01 %
Rwork0.1747 --
obs0.1775 18292 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.43 Å2 / Biso mean: 32.73 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→46.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 105 190 3750
Biso mean--45.73 33.54 -
残基数----454
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.39020.99680.86023.6506-0.39623.2159-0.02110.44090.2059-0.0648-0.03260.0671-0.3746-0.25520.05890.23870.0588-0.01540.22270.0030.156241.219621.657510.1548
22.5461-0.18810.45431.50930.24820.60040.02570.12640.098-0.0098-0.0298-0.1828-0.07490.13440.00210.2044-0.0060.01490.2104-0.02930.173559.97416.017917.797
33.49521.83021.32755.83990.67924.03050.1256-0.17070.12780.0257-0.28190.4923-0.0162-0.37410.1640.14850.0057-0.00530.304-0.02230.24532.27520.443514.5334
42.06261.2979-0.2342.1928-2.3599.09110.1639-0.43250.07280.1566-0.04950.12480.395-0.008-0.13090.25830.00570.05170.2656-0.02110.345643.066913.748238.1021
52.9227-0.33412.01780.75850.05692.377-0.0029-0.0163-0.1345-0.01630.04140.09010.0464-0.0339-0.04150.2193-0.00480.04890.2020.00930.218451.106215.318834.866
63.43131.2494-0.89765.0199-1.09772.10060.02950.0849-0.15890.0032-0.03270.1242-0.0431-0.0039-0.01980.16230.0372-0.02810.1964-0.03320.1564.125719.153246.2596
75.9929-2.5521-0.31484.3828-0.98191.8335-0.2491-0.6586-0.09960.51740.238-0.014-0.09170.07410.01130.236-0.0257-0.01590.25280.00140.182769.757620.153857.3766
82.3150.43391.8990.19360.7523.11080.09490.0018-0.23040.01610.0034-0.06560.13070.0523-0.10590.2618-0.0040.01540.14810.04660.279657.779810.526935.5552
92.6843-0.493-0.08631.4694-0.68540.3594-0.03360.0501-0.1179-0.11630.0266-0.03740.2567-0.0729-0.00340.276-0.02340.00210.1459-0.01580.247649.867910.435918.3099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 129 through 154 )A129 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 275 )A155 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 276 through 318 )A276 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 319 through 343 )A319 - 343
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 344 through 397 )A344 - 397
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 398 through 453 )A398 - 453
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 454 through 490 )A454 - 490
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 491 through 542 )A491 - 542
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 543 through 582 )A543 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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