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万見
- PDB-6t80: Human 14-3-3 sigma fused to the AANAT peptide including phosphose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t80
タイトルHuman 14-3-3 sigma fused to the AANAT peptide including phosphoserine-205
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • AANAT peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 proteins / Protein chimera / phosphopeptide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


indolalkylamine biosynthetic process / photoperiodism / aralkylamine N-acetyltransferase / Serotonin and melatonin biosynthesis / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / response to prostaglandin E / N-terminal protein amino acid acetylation / response to copper ion ...indolalkylamine biosynthetic process / photoperiodism / aralkylamine N-acetyltransferase / Serotonin and melatonin biosynthesis / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / response to prostaglandin E / N-terminal protein amino acid acetylation / response to copper ion / response to corticosterone / response to zinc ion / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / response to light stimulus / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to cAMP / 14-3-3 protein binding / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / response to cytokine / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / response to insulin / response to calcium ion / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / circadian rhythm / protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / 14-3-3 protein sigma / Acetyltransferase (GNAT) family / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily ...: / 14-3-3 protein sigma / Acetyltransferase (GNAT) family / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Serotonin N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Titterington, J. / Antson, A.A.
資金援助 ロシア, 英国, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-10031 ロシア
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust101528 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human 14-3-3 sigma fused to the AANAT peptide including phosphoserine-205
著者: Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Titterington, J. / Antson, A.A.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: 14-3-3 protein sigma
D: 14-3-3 protein sigma
E: AANAT peptide
F: AANAT peptide
G: AANAT peptide
H: AANAT peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5658
ポリマ－111,5658
非ポリマー00
水362
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
G: AANAT peptide
H: AANAT peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7824
ポリマ－55,7824
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 14-3-3 protein sigma
D: 14-3-3 protein sigma
E: AANAT peptide
F: AANAT peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7824
ポリマ－55,7824
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.260, 74.100, 102.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26659.018 Da / 分子数: 4
断片: This is a fusion protein with AANAT peptide, however it is not clear which chain this is linked to.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド
AANAT peptide


分子量: 1232.226 Da / 分子数: 4
断片: Fused to 14-3-3 protein, but exact chain combinations is not known.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16613*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MIB mix (sodium malonate dibasic monohydrate, imidazole, boric acid), 25% w/v polyethylene glycol 1500, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→74.74 Å / Num. obs: 22776 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 74.11 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.217 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.251 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 91716 / Scaling rejects: 52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.99-3.073.91.105648016800.4940.6511.288199.9
13.37-74.744.10.0811462820.9980.0430.0929.999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LU2

5lu2


解像度: 2.99→63.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.408
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1080 4.75 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 22756 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 210.09 Å2 / Biso mean: 89.9 Å2 / Biso min: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3587 Å20 Å228.197 Å2
2--27.7185 Å20 Å2
3----20.3598 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→63.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7238 0 0 2 7240
Biso mean---50.11 -
残基数----933
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2617SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1266HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7333HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion954SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9173SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7333HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9884HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.19
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3416 24 5.26 %
Rwork0.2336 432 -
all0.2405 456 -
obs--86.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25880.784-0.08493.3693-0.52761.7509-0.07530.0482-0.2029-0.0021-0.003-0.0786-0.0041-0.06730.0783-0.30450.0634-0.0153-0.1318-0.09320.032613.516-18.420439.6657
22.4504-1.09110.83714.13150.35551.66690.1104-0.02210.0221-0.1171-0.15870.04310.1118-0.09090.0484-0.3167-0.10480.0475-0.09320.0135-0.057810.778319.264836.9935
32.935-1.1637-0.2715.9807-0.4982.37010.19310.50270.43080.1059-0.3173-0.1608-0.1552-0.10120.1242-0.00790.0254-0.07950.25190.0940.034855.886138.2615.1872
43.8031-0.6723-1.23555.45881.5242.92150.13450.3152-0.5650.4841-0.43780.59840.2782-0.37040.30330.2223-0.14910.06220.1946-0.03520.31845.15481.767719.0446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-1 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D0 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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