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- PDB-6t7y: Structure of PCNA bound to cPIP motif of DP2 from P. abyssi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7y
タイトルStructure of PCNA bound to cPIP motif of DP2 from P. abyssi
要素
  • DNA polymerase sliding clamp
  • cPIP motif from the DP2 large subunit of PolD
キーワードREPLICATION / PCNA / DP2 / PolD / PIP-box
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / intein-mediated protein splicing / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / : / : / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2, central domain / DNA polymerase II large subunit DP2, catalytic domain / Intein splicing domain / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp / DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Madru, C. / Raia, P. / Hugonneau Beaufet, I. / Delarue, M. / Carroni, M. / Sauguet, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0005-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the increased processivity of D-family DNA polymerases in complex with PCNA.
著者: Clément Madru / Ghislaine Henneke / Pierre Raia / Inès Hugonneau-Beaufet / Gérard Pehau-Arnaudet / Patrick England / Erik Lindahl / Marc Delarue / Marta Carroni / Ludovic Sauguet /
要旨: Replicative DNA polymerases (DNAPs) have evolved the ability to copy the genome with high processivity and fidelity. In Eukarya and Archaea, the processivity of replicative DNAPs is greatly enhanced ...Replicative DNA polymerases (DNAPs) have evolved the ability to copy the genome with high processivity and fidelity. In Eukarya and Archaea, the processivity of replicative DNAPs is greatly enhanced by its binding to the proliferative cell nuclear antigen (PCNA) that encircles the DNA. We determined the cryo-EM structure of the DNA-bound PolD-PCNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.77 Å. Using an integrative structural biology approach - combining cryo-EM, X-ray crystallography, protein-protein interaction measurements, and activity assays - we describe the molecular basis for the interaction and cooperativity between a replicative DNAP and PCNA. PolD recruits PCNA via a complex mechanism, which requires two different PIP-boxes. We infer that the second PIP-box, which is shared with the eukaryotic Polα replicative DNAP, plays a dual role in binding either PCNA or primase, and could be a master switch between an initiation and a processive phase during replication.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase sliding clamp
B: cPIP motif from the DP2 large subunit of PolD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9582
ポリマ－30,9582
非ポリマー00
水25214
1
A: DNA polymerase sliding clamp
B: cPIP motif from the DP2 large subunit of PolD

A: DNA polymerase sliding clamp
B: cPIP motif from the DP2 large subunit of PolD

A: DNA polymerase sliding clamp
B: cPIP motif from the DP2 large subunit of PolD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8736
ポリマ－92,8736
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.736, 140.736, 38.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp / Proliferating cell nuclear antigen homolog / PCNA


分子量: 29471.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: pcn, PYRAB13790, PAB1465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UYX8
#2: タンパク質・ペプチド cPIP motif from the DP2 large subunit of PolD


分子量: 1485.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9V2F4*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 30% PEG 400 0.2 M MgCl2 0.1M BIS-TRIS pH7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→70.37 Å / Num. obs: 6983 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.701→2.863 Å / Num. unique obs: 436 / CC1/2: 0.21

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5auj

5auj


解像度: 2.7→70.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 50.167 / SU ML: 0.427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.424
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 660 9.5 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1929 6323 89.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 218.27 Å2 / Biso mean: 134.05 Å2 / Biso min: 84.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å2-0 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→70.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 0 14 1966
Biso mean---112.02 -
残基数----247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191975
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1381.9972650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1834533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5935244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63525.28787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.58515394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6771511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02369
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 10 -
Rwork0.279 49 -
all-59 -
obs--10.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9011-1.0620.0850.8941-0.01120.01110.0346-0.2556-0.27170.1025-0.03370.01890.041-0.0165-0.00090.1802-0.0631-0.00460.03940.02450.095-3.4653-24.4055-10.7278
210.38051.9453-4.15051.5922-2.7574.85180.47281.0612-0.10030.02520.08530.355-0.0741-0.2512-0.55810.1311-0.02920.01250.1844-0.07340.12726.6259-33.9656-26.4644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2B1256 - 1264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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