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- PDB-6t7e: PII-like protein CutA from Nostoc sp. PCC7120 in complex with MES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7e
タイトルPII-like protein CutA from Nostoc sp. PCC7120 in complex with MES
要素Periplasmic divalent cation tolerance protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CutA / PII-like / cyanobacteria
機能・相同性Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / response to metal ion / copper ion binding / Periplasmic divalent cation tolerance protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Selim, K.A. / Albrecht, R. / Forchhammer, K. / Hartmann, M.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFo195/9-2, RTG 1708-2 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of PII-like protein CutA does not support involvement in heavy metal tolerance and hints at a small-molecule carrying/signaling role.
著者: Selim, K.A. / Tremino, L. / Marco-Marin, C. / Alva, V. / Espinosa, J. / Contreras, A. / Hartmann, M.D. / Forchhammer, K. / Rubio, V.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02021年6月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity_link / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_asym_id
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Periplasmic divalent cation tolerance protein
B: Periplasmic divalent cation tolerance protein
C: Periplasmic divalent cation tolerance protein
D: Periplasmic divalent cation tolerance protein
E: Periplasmic divalent cation tolerance protein
F: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,22210
ポリマ－79,4416
非ポリマー7814
水28816
1
A: Periplasmic divalent cation tolerance protein
C: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子

A: Periplasmic divalent cation tolerance protein
C: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子

A: Periplasmic divalent cation tolerance protein
C: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,61312
ポリマ－79,4416
非ポリマー1,1716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area18570 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
2
B: Periplasmic divalent cation tolerance protein
D: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子

B: Periplasmic divalent cation tolerance protein
D: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子

B: Periplasmic divalent cation tolerance protein
D: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0279
ポリマ－79,4416
非ポリマー5863
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area17040 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
3
E: Periplasmic divalent cation tolerance protein
F: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子

E: Periplasmic divalent cation tolerance protein
F: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子

E: Periplasmic divalent cation tolerance protein
F: Periplasmic divalent cation tolerance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0279
ポリマ－79,4416
非ポリマー5863
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_435-y-1,x-y-2,z1
crystal symmetry operation3_645-x+y+1,-x-1,z1
Buried area16900 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area22230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.073, 87.073, 152.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains A B C D E F)

-
要素

#1: タンパク質
Periplasmic divalent cation tolerance protein


分子量: 13240.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
遺伝子: alr7093 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: Q8YL42
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 MES pH 6.5, 1.2 M Potassium/Sodium tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→38.25 Å / Num. obs: 25325 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.98
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Num. unique obs: 3985 / CC1/2: 0.842

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049 2013/06/30精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T76

6t76


解像度: 2.45→38.249 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 22.921 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.592 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 1267 -
Rwork0.2215 --
all0.224 --
obs-25325 99.783 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.286 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.129 Å20.564 Å20 Å2
2--1.129 Å20 Å2
3----3.661 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4874 0 48 16 4938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9736834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.708311024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0955609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4424.646226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96115858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9321524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1670.24397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.22367
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.22627
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2060.245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1450.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2183.1622454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2183.1622453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9454.7383057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9444.7383058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6223.462569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6223.462570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5965.1043777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5955.1043778
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.0525.3415243
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.0525.3445244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.45-2.5140.305920.2941740185498.81340.261
2.514-2.5820.377890.2661687177799.94370.234
2.582-2.6570.276870.236165217391000.2
2.657-2.7380.269840.235160316871000.199
2.738-2.8280.311830.238157416571000.199
2.828-2.9260.318790.2641499158199.81020.214
2.926-3.0360.292770.23147315501000.191
3.036-3.1590.276740.221140514791000.186
3.159-3.2990.328720.233135914311000.204
3.299-3.4580.258690.235131013791000.211
3.458-3.6440.303650.2241239130699.84690.206
3.644-3.8620.266610.2011152122299.26350.187
3.862-4.1260.274580.207112111791000.194
4.126-4.4520.234550.188103910941000.183
4.452-4.8710.186510.173970102299.90220.176
4.871-5.4350.23460.19887291999.89120.2
5.435-6.2540.338420.25678883399.63990.241
6.254-7.6090.272350.2326717061000.226
7.609-10.5550.24290.1845505791000.205
10.555-38.2490.339190.32235437499.73260.334
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1016-0.525-0.50381.4191-0.17623.1722-0.03510.1106-0.288-0.0037-0.04620.04050.4562-0.13260.08120.0886-0.02860.00270.0154-0.01010.121741.8097-36.5923-32.5582
21.76890.2314-0.45830.88490.48022.30730.059-0.1072-0.05090.19170.018-0.3858-0.00760.2829-0.0770.0549-0.022-0.07610.058-0.02050.219355.2158-26.039-63.6135
32.62580.7025-0.12421.2129-0.42032.4825-0.0321-0.4169-0.37620.3065-0.05860.0380.50520.02890.09070.28290.00830.050.13240.06390.163441.7155-36.6292-3.3147
41.66830.332-0.02631.9093-0.2661.70730.13010.0439-0.0272-0.1902-0.1107-0.20140.09120.2311-0.01940.03840.02760.00980.0425-0.02080.144555.272-25.847-93.3254
54.3115-1.14660.79033.2155-0.16521.83270.05410.0850.46910.0374-0.0243-0.1741-0.20960.1095-0.02990.0542-0.04010.04980.0532-0.00310.364146.6867-64.2472-47.7992
60.14040.22340.19450.41070.48062.03440.1618-0.29550.06440.4247-0.33790.0329-0.46440.0510.17611.4342-0.0094-0.10761.224-0.26320.774647.3786-64.4757-18.418
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 2001 - 200
22BB1 - 2001 - 200
33CC1 - 2001 - 200
44DD1 - 1041 - 104
55EE1 - 2001 - 200
66FF3 - 1023 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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