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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t77 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Klebsiella pneumoniae FabG(NADPH-dependent) NADP-complex at 1.75 A resolution | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-ACP reductase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Fatty acid biosynthesis / FabG / (3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase) / NADPH / complex / FAS-II | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Vella, P. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: A FabG inhibitor targeting an allosteric binding site inhibits several orthologs from Gram-negative ESKAPE pathogens. 著者: Vella, P. / Rudraraju, R.S. / Lundback, T. / Axelsson, H. / Almqvist, H. / Vallin, M. / Schneider, G. / Schnell, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t77.cif.gz | 200.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t77.ent.gz | 160.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t77.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t77_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t77_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6t77_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t77_validation.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t77 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 244 / Label seq-ID: 2 - 245
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25623.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein was expressed in E.coli with N-terminal His6-tag (removable by TEV protease cleavage). The tag removal results in a protein with one extra Serine residue at the N-terminus. 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: fabG, fabG_1, fabG_10, fabG_11, fabG_13, fabG_17, fabG_2, fabG_20, fabG_29, fabG_3, fabG_5, fabG_6, fabG_7, fabG_9, B4U21_08660, B4U25_10170, B4U30_10945, BANRA_00187, BANRA_00827, BL124_ ...遺伝子: fabG, fabG_1, fabG_10, fabG_11, fabG_13, fabG_17, fabG_2, fabG_20, fabG_29, fabG_3, fabG_5, fabG_6, fabG_7, fabG_9, B4U21_08660, B4U25_10170, B4U30_10945, BANRA_00187, BANRA_00827, BL124_00014385, BN49_2178, BU230_37105, BVX91_09955, C1459_07275, C3483_16280, C3F39_04320, C4Y50_026525, C7V41_16750, C8P71_1985, CSC88_11955, CWN54_18865, DD581_15755, DD583_12070, DM059_09455, DN589_06290, DXF97_11560, E0760_18120, EAO17_24465, EXT45_09615, FAQ72_04165, FAQ97_22680, FAS39_22705, NCTC11679_03520, NCTC13465_02289, NCTC13635_06738, NCTC1936_03302, NCTC204_06212, NCTC5052_01093, NCTC8849_02353, NCTC9128_07518, NCTC9178_04075, NCTC9617_01456, NCTC9637_04333, NCTC9645_00460, PMK1_03430, SAMEA104305404_12205, SAMEA104567806_03967, SAMEA104567857_00497, SAMEA104567903_00037, SAMEA23986918_09908, SAMEA3531848_01000, SAMEA4364603_00036, SAMEA4394730_07307, SAMEA4873640_04565, SK89_00756, SM87_01800 プラスミド: pNIC28Bsa4 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag (removable by TEV protease cleavage) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: W9B6I8, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 9.5 mg/ml protein solution mixed with NADP+ at 11.5 mM concentration Well solution: 0.1 M phosphate-citrate 4.2 pH 40 %v/v PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96862 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月17日 / 詳細: Toroidal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→59.88 Å / Num. obs: 47966 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2647 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.297 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q7B 解像度: 1.75→59.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.71 Å2 / Biso mean: 38.978 Å2 / Biso min: 21.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→59.88 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 14464 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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