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万見
- PDB-6t74: New antiparallel dimer of aureochrome 1a LOV domain mutants from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t74
タイトルNew antiparallel dimer of aureochrome 1a LOV domain mutants from Phaeodactylum tricornutum
要素Ptaureo1a lov2 domain
キーワードFLAVOPROTEIN / Photoreceptor / Interface
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / MALONATE ION / Ptaureo1a lov2 domain
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Essen, L.O. / Hepp, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationES152/16-1; TA320/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: An Optogenetic Tool for Induced Protein Stabilization Based on the Phaeodactylum tricornutum Aureochrome 1a Light-Oxygen-Voltage Domain.
著者: Hepp, S. / Trauth, J. / Hasenjager, S. / Bezold, F. / Essen, L.O. / Taxis, C.
履歴
登録2019年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ptaureo1a lov2 domain
B: Ptaureo1a lov2 domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,11812
ポリマ－36,1582
非ポリマー1,96010
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.746, 100.746, 120.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-616-

HOH

21B-504-

HOH

31B-583-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 236 - 374 / Label seq-ID: 20 - 158

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ptaureo1a lov2 domain


分子量: 18078.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140UHJ0

-
非ポリマー , 6種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: in 1.1 M sodium malonate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5 % Jeffamine ED-2003 under dark conditions

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.52 Å / Num. obs: 49476 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 38.84 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01232 / Rpim(I) all: 0.01232 / Rrim(I) all: 0.01742 / Net I/σ(I): 24.51
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2919 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 4862 / CC1/2: 0.838 / R split: 0.2919 / Rpim(I) all: 0.2919 / Rrim(I) all: 0.4128 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5a8b

5a8b


解像度: 1.9→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 3.589 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1748 2486 5 %RANDOM
Rwork0.1538 ---
obs-46990 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.14 Å2 / Biso mean: 44.958 Å2 / Biso min: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0 Å20 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2205 0 131 323 2659
Biso mean--62.3 61.36 -
残基数----281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.6993324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4611.6394969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4235299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.03324.074135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10815367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5951512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02503
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4441 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 195 -
Rwork0.242 3396 -
all-3591 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99320.3688-0.60771.0702-0.04942.3127-0.0659-0.2373-0.20720.02610.03610.00380.1762-0.13350.02990.02280.01170.02010.1160.02860.06029.1012-30.9489-15.7025
23.2067-0.6631-0.11871.7227-0.21741.6716-0.06770.4354-0.1204-0.1002-0.0204-0.02680.15150.09320.08810.027-0.01950.01920.16660.01250.0434-15.4285-30.1349-18.179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A236 - 375
2X-RAY DIFFRACTION2B236 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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