PDB-6t6q: Crystal structure of Toxoplasma gondii Morn1 (extended conformation).

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t6q

タイトル

Crystal structure of Toxoplasma gondii Morn1 (extended conformation).

要素

Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / MORN repeat / MORN1 / Toxoplasma

機能・相同性

histone-lysine N-methyltransferase / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / methyltransferase activity / kinase activity / methylation / metal ion binding / Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.902 Å

データ登録者

Grishkovskaya, I. / Kostan, J. / Sajko, S. / Morriswood, B. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Structures of three MORN repeat proteins and a re-evaluation of the proposed lipid-binding properties of MORN repeats.
著者: Sajko, S. / Grishkovskaya, I. / Kostan, J. / Graewert, M. / Setiawan, K. / Trubestein, L. / Niedermuller, K. / Gehin, C. / Sponga, A. / Puchinger, M. / Gavin, A.C. / Leonard, T.A. / Svergun, ...

履歴

登録	2019年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t6q.cif.gz	155.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t6q.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t6q_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t6q_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	6t6q_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	6t6q_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t4dSC 6t4rC 6t68C 6t69C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g6b-d 4hjc-d 3g67-d 6gy7-1 1f02-1 5un2-d 5wme-d 4cbz-1 5i8d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1

BBB: Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.916, 53.916, 348.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1 / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / putative 分子量: 24746.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GPAM tag after 3C cleavage 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50861 / VEG) (トキソプラズマ) 株: ATCC 50861 / VEG / 遺伝子: BN1205_094520, TGVEG_310440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7VBC6, histone-lysine N-methyltransferase

#1: タンパク質

Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1 / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / putative

分子量: 24746.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GPAM tag after 3C cleavage
由来: (組換発現)

Toxoplasma gondii (strain ATCC 50861 / VEG) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50861 / VEG / 遺伝子: BN1205_094520, TGVEG_310440 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F7VBC6, histone-lysine N-methyltransferase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.2, 15% PEG 3350, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.967 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→48.92 Å / Num. obs: 12331 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 2.252 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1819 / CC_1/2: 0.772

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T4D

6t4d

解像度: 2.902→48.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.492 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3111	593	4.839 %
R_work	0.2761	-	-
all	0.278	-	-
obs	-	12254	98.902 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.455 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.455 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.911 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.902→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3319	0	0	0	3319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.038	0.018	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.213	1.642	4591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.45	1.6	6645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.824	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.274	22.83	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.083	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.388	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.065	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.61	9.355	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.609	9.354	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.757	14.029	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.757	14.031	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.456	9.522	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.455	9.523	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.6	14.216	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.599	14.216	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.439	100.254	3745
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.438	100.273	3746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.902-2.977	0.52	31	0.493	781	X-RAY DIFFRACTION	90.8277
2.977-3.059	0.474	39	0.487	782	X-RAY DIFFRACTION	97.1598
3.059-3.147	0.442	49	0.468	801	X-RAY DIFFRACTION	99.4152
3.147-3.244	0.517	42	0.414	758	X-RAY DIFFRACTION	99.8752
3.244-3.35	0.43	41	0.415	766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.468	0.374	37	0.35	734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.599	0.318	46	0.295	709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.599-3.745	0.304	41	0.271	650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.745-3.911	0.334	32	0.233	671	X-RAY DIFFRACTION	99.858
3.911-4.102	0.2	28	0.204	639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.102-4.323	0.24	32	0.214	605	X-RAY DIFFRACTION	99.8433
4.323-4.585	0.183	34	0.205	572	X-RAY DIFFRACTION	99.8353
4.585-4.9	0.227	21	0.204	563	X-RAY DIFFRACTION	99.6587
4.9-5.292	0.276	25	0.228	507	X-RAY DIFFRACTION	100
5.292-5.795	0.498	24	0.293	463	X-RAY DIFFRACTION	97.4
5.795-6.475	0.409	23	0.272	439	X-RAY DIFFRACTION	100
6.475-7.47	0.319	15	0.259	406	X-RAY DIFFRACTION	100
7.47-9.132	0.213	10	0.253	355	X-RAY DIFFRACTION	100
9.132-12.844	0.396	12	0.233	286	X-RAY DIFFRACTION	100
12.844-48.92	0.284	11	0.26	174	X-RAY DIFFRACTION	96.8586

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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