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- PDB-6t6p: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae FabG2(NADH-dependent) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6p
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae FabG2(NADH-dependent) at 1.57 A resolution
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fatty acid biosynthesis / FabG / (3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase) / NADH / NADPH / complex / FAS-II
機能・相同性
機能・相同性情報


monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Vella, P. / Schnell, R. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Vinnova スウェーデン
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: A FabG inhibitor targeting an allosteric binding site inhibits several orthologs from Gram-negative ESKAPE pathogens.
著者: Vella, P. / Rudraraju, R.S. / Lundback, T. / Axelsson, H. / Almqvist, H. / Vallin, M. / Schneider, G. / Schnell, R.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,88729
ポリマ－102,5734
非ポリマー2,31425
水11,854658
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The crystal asymetric unit contains a tetramer (chains A,B,C,D) this is identical to the biological tetramer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19030 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.639, 94.358, 151.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 244 / Label seq-ID: 1 - 245

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase


分子量: 25643.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This enzyme FabG2 is a homologue of the fatty acid biosynthesis enzyme FabG, however this variant is NADH-dependent, but catalyzes the reduction of the 3-oxo-acyl(C4)-CoA substrate.
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
遺伝子: KPNJ2_02761 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: W8VGR4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M NH4H2PO4 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 50 %v/v MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日 / 詳細: Toroidal mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→80.03 Å / Num. obs: 137268 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4795 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.284 / Rrim(I) all: 0.418 / % possible all: 69.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JRO

4jro


解像度: 1.57→80.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1702 6859 5 %RANDOM
Rwork0.1509 ---
obs0.1519 130321 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.36 Å2 / Biso mean: 17.321 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å20 Å2
2--0.64 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→80.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7168 0 146 658 7972
Biso mean--38.42 27.33 -
残基数----980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197468
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.96110080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.711316526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65951008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.224.392296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.521151246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9171553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021466
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A150260.07
12B150260.07
21A152560.05
22C152560.05
31A149420.07
32D149420.07
41B149980.07
42C149980.07
51B153720.05
52D153720.05
61C150360.06
62D150360.06
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 385 -
Rwork0.25 6979 -
all-7364 -
obs--70.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1004-0.07330.12940.4919-0.11641.04370.02970.128-0.108-0.0899-0.0335-0.00020.10140.10510.00380.02730.01860.00180.0269-0.0090.0122103.22690.352-14.958
20.94440.0703-0.13330.5385-0.05411.01780.0195-0.15890.05960.1037-0.0393-0.0309-0.06740.12710.01970.0287-0.0181-0.01160.045-0.00120.0111103.64196.75715.363
30.8847-0.0399-0.08880.56910.03930.98420.02440.11760.0755-0.085-0.03170.0074-0.0917-0.11780.00740.02540.0216-0.00390.03390.00460.008973.50798.611-14.884
40.86720.02510.07620.51560.04221.04490.0205-0.1358-0.0670.0968-0.03470.03550.0538-0.12860.01420.0247-0.01740.01030.04080.00230.012373.07391.73315.34
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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