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- PDB-6t6f: Crystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase 1D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t6f
タイトルCrystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase 1D (CAMK1D) bound to compound 8 (CS275)
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of granulocyte chemotaxis / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of dendrite development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of neuron projection development / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of neuron projection development ...regulation of granulocyte chemotaxis / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of dendrite development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of neuron projection development / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of neuron projection development / nervous system development / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MMW / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Sorrell, F. / Kraemer, A. / Butterworth, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202708 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CAMK1D bound to CS275
著者: Sorrell, F. / Kraemer, A. / Butterworth, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1594
ポリマ－73,3982
非ポリマー7612
水3,711206
1
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0792
ポリマ－36,6991
非ポリマー3801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0792
ポリマ－36,6991
非ポリマー3801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.950, 115.730, 53.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...
21(chain B and ((resid 12 and (name CA or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPALAALA(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA12 - 335 - 26
12PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA3427
13TRPTRPASPASP(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA12 - 3285 - 322
14TRPTRPASPASP(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA12 - 3285 - 322
15TRPTRPASPASP(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA12 - 3285 - 322
16TRPTRPASPASP(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA12 - 3285 - 322
17TRPTRPASPASP(chain A and (resid 12 through 33 or (resid 34...AA12 - 3285 - 322
21TRPTRPTRPTRP(chain B and ((resid 12 and (name CA or name...BB125
22TRPTRPASPASP(chain B and ((resid 12 and (name CA or name...BB12 - 3285 - 322
23TRPTRPASPASP(chain B and ((resid 12 and (name CA or name...BB12 - 3285 - 322

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D / CaM kinase I delta / CaMKID / CaMKI-like protein kinase / CKLiK


分子量: 36698.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK1D, CAMKID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IU85, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MMW / 2-[(3~{S})-3-azanylpiperidin-1-yl]-4-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]amino]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 380.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19F3N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 28% PEG3350 -- 0.1M bis-tris pH 5.5 -- 0.2M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.91 Å / Num. obs: 49440 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.646 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3587 / CC1/2: 0.526 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2jc6

2jc6


解像度: 1.97→48.905 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 2509 5.08 %
Rwork0.2099 46873 -
obs0.2113 49382 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.85 Å2 / Biso mean: 53.7188 Å2 / Biso min: 30.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→48.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4447 0 54 206 4707
Biso mean--44.66 53.11 -
残基数----575
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1650X-RAY DIFFRACTION8.473TORSIONAL
12B1650X-RAY DIFFRACTION8.473TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.97-2.00790.38951550.36892551100
2.0079-2.04890.33391640.3395251099
2.0489-2.09340.33421470.31262562100
2.0934-2.14210.30941430.2831255999
2.1421-2.19570.26991360.25592570100
2.1957-2.25510.23631220.25152585100
2.2551-2.32140.25561290.23672589100
2.3214-2.39640.24681200.22842588100
2.3964-2.4820.26341200.23712596100
2.482-2.58140.28341330.22852609100
2.5814-2.69880.25041330.23522607100
2.6988-2.84110.25471270.22522617100
2.8411-3.01910.23931290.22262598100
3.0191-3.25220.23391360.21592604100
3.2522-3.57940.22971790.20422601100
3.5794-4.09710.22361500.18192641100
4.0971-5.1610.21241430.16832664100
5.161-48.90.21481430.19742822100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.63630.27880.14262.27641.42572.77660.0764-0.5770.01030.15230.137-0.4490.06140.1293-0.20630.3738-0.0094-0.01440.43570.0160.4992-7.836527.2312-16.6684
23.6273-0.39470.66153.3950.3892.33670.0247-0.11820.1681-0.27860.0231-0.0233-0.1159-0.0539-0.05290.37480.00790.00660.3211-0.0120.3215-11.889516.6824-31.714
34.54091.3871-3.55588.0715-4.63244.42650.8038-1.5241-0.4251-0.0217-0.3563-0.3306-1.01040.93840.10360.5325-0.03620.04590.70390.02380.3685-13.11381.9464-17.4531
43.4551-0.71720.81533.2576-0.73822.16680.12160.0222-0.407-0.27050.02550.36610.1672-0.0505-0.15930.39120.0125-0.05770.2857-0.00110.4113-17.78381.9797-31.9046
50.78561.0893-1.42673.0068-3.69484.64520.31310.1261-0.02030.0655-0.00170.197-0.19680.1834-0.38270.4670.0509-0.06860.4964-0.02460.4977-24.876821.3326-44.289
63.3966-0.9836-1.29753.38870.08342.05510.05840.132-0.6894-0.2779-0.24950.43450.1848-0.06670.12120.473-0.0038-0.08830.50410.0160.7923-44.87111.9231-26.1579
75.37812.0886-2.83110.8676-1.0191.6062-0.2262-1.2932-0.19330.8982-0.29630.32890.98490.13450.18850.9456-0.1215-0.04171.12950.06670.9463-50.52979.534-9.4266
82.43910.16050.3752.12921.27310.7912-0.0051-0.3662-0.0684-0.0567-0.10430.4378-0.1062-0.37150.14590.37770.0352-0.04120.47740.04060.6131-46.287427.4862-15.6484
94.6736-0.20311.29452.0159-0.1113.3510.1381-0.3735-0.4456-0.0542-0.08570.18590.415-0.0931-0.04370.3824-0.01710.00310.44920.04060.5356-41.083726.0152-11.2612
103.462-0.281.12312.3524-1.0763.2320.0025-0.97360.41240.39180.00860.0843-0.1485-0.32590.00510.42670.00480.05060.6302-0.08930.5193-35.391535.5979-1.4084
111.60320.466-0.53737.623-3.45112.3389-0.0529-0.2660.1563-0.4153-0.1997-0.3520.03320.25880.14910.43020.0409-0.0360.4521-0.11020.6675-21.730747.4454-21.7646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 12:108)A12 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 109:185)A109 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 186:199)A186 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 200:286)A200 - 286
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 287:328)A287 - 328
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 12:56)B12 - 56
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 57:73)B57 - 73
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 74:142)B74 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 143:198)B143 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 199:294)B199 - 294
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 295:328)B295 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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