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- PDB-6t5k: ECV-1 from Echinicola vietnamensis. Environmental metallo-beta-la... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t5k
タイトルECV-1 from Echinicola vietnamensis. Environmental metallo-beta-lactamases exhibit high enzymatic activity under zinc deprivation
要素Zn-dependent hydrolase, glyoxylase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase / carbapenemase / environmental
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Echinicola vietnamensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Frohlich, C.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2013-08633 スウェーデン
Swedish Research Council2018-02835 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical characterization of the environmental MBLs MYO-1, ECV-1 and SHD-1.
著者: Frohlich, C. / Sorum, V. / Huber, S. / Samuelsen, O. / Berglund, F. / Kristiansson, E. / Kotsakis, S.D. / Marathe, N.P. / Larsson, D.G.J. / Leiros, H.S.
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Zn-dependent hydrolase, glyoxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8358
ポリマ－26,3941
非ポリマー4417
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area9600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.926, 65.676, 128.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1352-

HOH

21C-1489-

HOH

31C-1499-

HOH

41C-1541-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zn-dependent hydrolase, glyoxylase


分子量: 26393.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinicola vietnamensis (バクテリア)
遺伝子: Echvi_2632 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0FY79
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25-26% PEG3350, ), 0.1 M BIS-TRIS buffer pH 6 and 0.2 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→25 Å / Num. obs: 49538 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 17.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.33→1.36 Å / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2951 / CC1/2: 0.413 / Rpim(I) all: 0.671

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1znb

1znb


解像度: 1.33→25 Å / SU ML: 0.1738 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1835 2098 4.24 %
Rwork0.1471 --
obs0.1486 49509 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1742 0 22 254 2018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00991901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11162590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0887288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8063675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.33-1.360.36791100.33872482X-RAY DIFFRACTION76.8
1.36-1.391252834X-RAY DIFFRACTION87.34
1.39-1.430.36451330.31013023X-RAY DIFFRACTION94.83
1.43-1.470.30551400.25623148X-RAY DIFFRACTION97.65
1.47-1.520.27671430.20723231X-RAY DIFFRACTION99.94
1.52-1.570.21831420.17933216X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.640.20611430.16143223X-RAY DIFFRACTION99.91
1.64-1.710.21491430.14783231X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.80.17871440.13413262X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.920.16151440.11913237X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.060.15691440.11743254X-RAY DIFFRACTION99.88
2.06-2.270.16531440.123258X-RAY DIFFRACTION99.85
2.27-2.60.14911450.12813271X-RAY DIFFRACTION99.42
2.6-3.270.17291460.13693314X-RAY DIFFRACTION99.97
3.27-24.080.17051520.14423427X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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