PDB-6t44: Ovine lactoglobulin complex with decanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t44

タイトル

Ovine lactoglobulin complex with decanol

要素

Beta-lactoglobulin-1/B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / lipocalin / ligand binding

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ovis aries (ヒツジ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kopec, M. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2019
タイトル: Conformational flexibility and ligand binding properties of ovine beta-lactoglobulin.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2019年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2019年10月23日	ID: 5EED
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t44.cif.gz	125.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t44.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t42C 4nliS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yup-4 7bf9-1 1yup-2 1b0o-1 6fxb-2 4tlj-d 4jg9-1 1oib-1 1yup-1 7bh0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin-1/B

BBB: Beta-lactoglobulin-1/B

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.340, 108.340, 55.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin-1/B / Beta-LG 分子量: 18197.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 発現宿主: Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P67976
#2: 化合物	ChemComp-DE1 / DECAN-1-OL / 1-デカノ-ル分子量: 158.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.30 M sodium citrate in 0.2 M Tris pH 8.5, decanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→14.08 Å / Num. obs: 25315 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1832 / CC_1/2: 0.728 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NLI

4nli

解像度: 2→14.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 10.911 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2484	1170	4.625 %	RANDOM
R_work	0.1962	-	-	-
all	0.199	-	-	-
obs	0.19855	25296	99.528 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.665 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.048 Å²	0.024 Å²	0 Å²
2-	-	0.048 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.155 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→14.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2276	0	22	127	2425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.686	1.639	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.569	5165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.124	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.393	25.294	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.664	15	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.566	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.29	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.788	2.531	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.787	2.529	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.92	3.777	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.92	3.778	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.007	2.766	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.006	2.766	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.305	4.049	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.304	4.05	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.032	29.999	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.02	29.96	2448

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.051	0.305	80	0.29	1719	0.29	1808	0.741	0.782	99.5022	0.27
2.051-2.106	0.294	93	0.266	1683	0.267	1783	0.824	0.836	99.6074	0.248
2.106-2.166	0.284	74	0.25	1668	0.251	1744	0.834	0.848	99.8853	0.228
2.166-2.231	0.307	72	0.241	1613	0.244	1685	0.857	0.868	100	0.218
2.231-2.302	0.246	66	0.218	1581	0.22	1647	0.888	0.893	100	0.196
2.302-2.38	0.287	91	0.226	1475	0.23	1566	0.892	0.903	100	0.199
2.38-2.467	0.287	80	0.212	1457	0.215	1537	0.898	0.915	100	0.186
2.467-2.565	0.307	68	0.217	1418	0.221	1486	0.871	0.917	100	0.192
2.565-2.675	0.264	61	0.213	1364	0.216	1425	0.902	0.906	100	0.189
2.675-2.8	0.263	54	0.21	1314	0.213	1368	0.912	0.922	100	0.187
2.8-2.945	0.213	53	0.182	1245	0.183	1298	0.941	0.946	100	0.164
2.945-3.116	0.247	58	0.183	1189	0.186	1248	0.915	0.946	99.9199	0.162
3.116-3.319	0.205	49	0.19	1108	0.191	1157	0.942	0.946	100	0.179
3.319-3.569	0.258	56	0.182	1028	0.186	1084	0.927	0.949	100	0.176
3.569-3.884	0.233	32	0.166	985	0.168	1017	0.904	0.956	100	0.162
3.884-4.302	0.244	49	0.157	870	0.161	919	0.931	0.957	100	0.157
4.302-4.892	0.195	38	0.146	802	0.148	840	0.961	0.97	100	0.153
4.892-5.819	0.274	48	0.187	665	0.192	713	0.937	0.955	100	0.192
5.819-7.605	0.126	29	0.195	563	0.191	592	0.974	0.954	100	0.194
7.605-14.082	0.303	19	0.202	379	0.206	416	0.919	0.959	95.6731	0.209

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5202	-0.5483	0.1117	0.5822	-0.1843	2.2976	-0.0492	-0.0862	0.0766	0.0467	0.0978	-0.0845	0.0609	-0.1146	-0.0486	0.057	0.0235	0.0011	0.0319	-0.0151	0.0277	34.0562	24.8087	-3.2565
2	0.7612	-1.0522	-0.0653	1.4648	0.041	1.7682	0.0944	-0.023	0.014	-0.1308	0.011	-0.0194	0.0293	-0.1006	-0.1053	0.0215	0.0006	0.0005	0.0742	0.0142	0.0075	24.5827	31.2767	25.3364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A*	7 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B*	10 - 478

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)