PDB-6t31: Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst bas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t31

タイトル

Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst based cofactor

要素

Streptavidin

キーワード

biotin-binding protein / artificial cofactor / streptavidin / catalyst

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Lechner, H. / Hocker, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: An Artificial Cofactor Catalyzing the Baylis-Hillman Reaction with Designed Streptavidin as Protein Host*.
著者: Lechner, H. / Emann, V.R. / Breuning, M. / Hocker, B.

履歴

登録	2019年10月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t31.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t31.ent.gz	136.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t31_validation.pdf.gz	871.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t31_full_validation.pdf.gz	879.4 KB	表示
XML形式データ	6t31_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6t31_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/6t31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t1eSC 6t1gC 6t1kC 6t2lC 6t2yC 6t2zC 6t30C 6t32C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cpe-1 2rtg-1 1lcv-1 6s50-d 2qcb-1 7kbz-d 5vcq-d 2rtb-1 6vjk-2 6vjk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.377, 85.361, 100.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-308- HOH
2	1	A-363- HOH
3	1	B-399- HOH
4	1	B-404- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	16 - 38	16 - 38
1	2	GLY	GLY	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	41 - 55	41 - 55
1	3	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	58 - 67	58 - 67
1	4	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	70 - 82	70 - 82
1	5	ASN	ASN	THR	THR	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	85 - 91	85 - 91
1	6	GLY	GLY	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	94 - 101	94 - 101
1	7	ILE	ILE	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	104 - 105	104 - 105
1	8	TRP	TRP	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	108	108
1	9	THR	THR	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	111 - 114	111 - 114
1	10	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	117 - 127	117 - 127
1	11	PHE	PHE	THR	THR	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	A	130 - 131	130 - 131
1	12	HL9	HL9	HL9	HL9	(chain 'A' and (resid 16 through 39 or resid 41...	A	C	201
2	13	GLY	GLY	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	16 - 38	16 - 38
2	14	GLY	GLY	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	41 - 55	41 - 55
2	15	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	58 - 67	58 - 67
2	16	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	70 - 82	70 - 82
2	17	ASN	ASN	THR	THR	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	85 - 91	85 - 91
2	18	GLY	GLY	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	94 - 101	94 - 101
2	19	ILE	ILE	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	104 - 105	104 - 105
2	20	TRP	TRP	TRP	TRP	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	108	108
2	21	THR	THR	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	111 - 114	111 - 114
2	22	ALA	ALA	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	117 - 127	117 - 127
2	23	PHE	PHE	THR	THR	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	B	130 - 131	130 - 131
2	24	HL9	HL9	HL9	HL9	(chain 'B' and (resid 16 through 39 or resid 41...	B	D	201

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16607.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-HL9 / 5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(1-pyridin-4-ylpiperidin-4-yl)pentanamide 分子量: 403.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: CHES 0.1 M pH 9.5, 30% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.349→43.02 Å / Num. obs: 54426 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.349→1.397 Å / Num. unique obs: 5353 / CC_1/2: 0.609

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	1.16_3549	モデル構築
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6t1e

6t1e

解像度: 1.35→43.02 Å / SU ML: 0.1498 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.9836

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1654	2100	3.86 %
R_work	0.1382	-	-
obs	0.1392	54424	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→43.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1840	0	56	259	2155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	2071
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0924	2856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1902	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8585	1160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.38	0.3221	137	0.2947	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.38-1.42	0.3056	139	0.2641	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.2563	138	0.2217	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.5	0.2118	138	0.1782	3457	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.5-1.54	0.1972	140	0.1623	3481	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.6	0.1877	138	0.1509	3442	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.6-1.66	0.1688	139	0.1396	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.74	0.1747	140	0.1363	3475	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.74-1.83	0.1664	139	0.1304	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.95	0.158	139	0.1222	3462	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.95-2.1	0.1547	140	0.1222	3494	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.1-2.31	0.1552	141	0.1191	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.64	0.1672	141	0.1256	3505	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.64-3.33	0.1545	143	0.1324	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-43.02	0.152	148	0.1385	3681	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.66044244479	1.88759075334	1.99835792532	2.11442546333	1.01463020818	2.4717601153	-0.187730406494	-0.255800067888	0.145555667599	0.514485257452	0.18201175881	0.366411563576	-0.267544558986	-0.0782424387255	0.0608281406284	0.322092315169	0.0120466198758	0.0618866840209	0.277567043297	0.00927678491369	0.101589700675	-1.67266405307	-28.7257096432	-3.43918209507
2	1.47427769258	0.505263200433	0.283336983842	3.20639175016	-0.146267218872	1.74418788667	-0.0219323087567	-0.258792179875	0.108497599777	0.558867397799	-0.0263675473644	-0.133985669758	-0.160401948572	0.027812194807	0.0555659735573	0.236277179412	0.0051681706982	-0.0124515468775	0.231429308069	-0.000416923580575	0.116572196666	6.43581691956	-27.0031891782	-6.00616341019
3	1.71989174484	-0.770104244575	0.0934794824941	3.7681531181	-0.485264954258	1.79339363798	-0.00464871885684	-0.18430836743	-0.0817714298187	0.258398765918	-0.0523108112308	-0.12414044713	0.0382576541422	0.0328261919122	0.0435781918212	0.155271623065	-0.0076061931813	-0.00896370979168	0.187967299569	0.0226240792604	0.108827503429	6.67393260215	-33.640895338	-11.3523221378
4	3.41946289196	-0.444839914571	-0.66913613575	2.56228872669	-0.169524246685	2.54726658752	0.0717974873042	-0.122979227801	0.179978895637	0.319591573142	-0.0742991250003	0.176856514436	-0.180748553352	-0.303618625827	0.19911215384	0.143203314684	0.00305636354729	0.023924150456	0.159718985013	-0.00155761114078	0.0978865725498	-1.29353640553	-27.3071837096	-13.4310263024
5	4.20383433864	-2.34843299843	-1.34425894597	6.12752492399	2.6789270057	5.33890480209	0.117512287349	0.285580277383	-0.244700118572	-0.27992408561	-0.100377670435	-0.14057146052	0.271398041643	0.130281446658	-0.0131479558227	0.145137277495	0.00720450011569	-0.00380637398418	0.169345113674	0.00813406844063	0.151681973524	2.82151715934	-35.4254563339	-23.1519054085
6	7.79084243642	0.539493061066	0.655072112739	6.13415959876	-1.89703212498	5.6184779511	-0.470495846001	-0.995138356024	-1.45028225516	0.779965741435	-0.0793585782321	0.650972419119	0.393054051538	-0.589107298067	0.251711219518	0.382094570665	-0.00916464932376	0.217611535572	0.473102471192	0.0398052526217	0.312212692806	-7.65948769728	-30.4847575776	0.531445925775
7	2.18676746921	-0.263760551463	0.579661055481	5.01116243876	0.702242286811	3.35130309903	0.198932014953	0.145454510289	-0.0949725870957	-0.345566846875	-0.124211086195	0.913921182707	0.537333256548	-0.421905541883	0.0960813710789	0.15923787612	-0.0384896137796	-0.00411514833553	0.263631182907	-0.069190917471	0.380200209305	-24.9639600786	-31.7770863421	-28.4095720718
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 112 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 136 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 13 through 22 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 23 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 54 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 113 through 130 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 131 through 136 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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