PDB-6t2r: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t2r

タイトル

Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown

要素

Beta-glycosidase

キーワード

HYDROLASE / Human gut microbiota / mucin degradation / O-glycanases / GH16 / endo beta-galactosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

licheninase activity / licheninase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides caccae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. ...

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown.
著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / ...

履歴

登録	2019年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t2r.cif.gz	71.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t2r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t2r_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t2r_full_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示
XML形式データ	6t2r_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	6t2r_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/6t2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t2nC 6t2oC 6t2pC 6t2qC 6t2sC 3ilnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cl0-d 3pki-4 6b88-2 2lgz-d 6idn-d 6xvg-2 6nb0-d 5x16-d 6u10-d 4m16-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#124 - 2010年4月
コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-glycosidase

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.928, 87.135, 156.193
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Beta-glycosidase / Glycoside hydrolase family 16 protein 分子量: 30488.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides caccae (バクテリア) 遺伝子: bglA_5, DW190_07485, DW794_15185, DWY26_17235, DWZ35_07795, DXA49_02580, EAJ00_16275, ERS852494_03890 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174TK78, licheninase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→43.57 Å / Num. obs: 19202 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 1.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1554 / CC_1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ILN

3iln

解像度: 2.1→43.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.295 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	950	4.961 %
R_work	0.1972	-	-
all	0.199	-	-
obs	-	19149	99.901 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.867 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.613 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.745 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2035	0	10	126	2171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.644	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.577	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.763	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.792	22.54	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.432	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.231	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.305	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.758	3.287	991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.757	3.286	990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.979	4.92	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.978	4.92	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.51	3.473	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.47	3.461	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.888	5.106	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.815	5.087	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.307	36.83	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.281	36.666	2354

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.276	76	0.289	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.5757
2.155-2.214	0.285	83	0.247	1244	X-RAY DIFFRACTION	99.7744
2.214-2.278	0.306	68	0.25	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.309	55	0.236	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.9235
2.348-2.425	0.288	46	0.229	1169	X-RAY DIFFRACTION	99.8357
2.425-2.51	0.302	65	0.218	1154	X-RAY DIFFRACTION	99.7545
2.51-2.604	0.271	55	0.214	1137	X-RAY DIFFRACTION	99.9162
2.604-2.71	0.289	68	0.205	1032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.831	0.299	57	0.194	1011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.969	0.274	46	0.202	998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.129	0.231	44	0.198	965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.319	0.283	52	0.212	885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.319-3.547	0.228	21	0.2	856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.831	0.245	33	0.181	783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.831-4.196	0.188	45	0.164	726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.196-4.689	0.148	30	0.134	667	X-RAY DIFFRACTION	99.8567
4.689-5.411	0.22	28	0.153	590	X-RAY DIFFRACTION	100
5.411-6.619	0.208	36	0.196	493	X-RAY DIFFRACTION	99.8113
6.619-9.328	0.173	28	0.188	402	X-RAY DIFFRACTION	100
9.328-43.57	0.199	14	0.209	245	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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