PDB-6idn: Crystal structure of ICChI chitinase from ipomoea carnea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6idn

タイトル

Crystal structure of ICChI chitinase from ipomoea carnea

要素

ICChI, a glycosylated chitinase

キーワード

PLANT PROTEIN / chitinase / glycosylation / TIM barrel / Ipomoea carnea

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase activity / chitinase / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ipomoea carnea (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kumar, S. / Kumar, A. / Patel, A.K.

引用

ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2020
タイトル: TIM barrel fold and glycan moieties in the structure of ICChI, a protein with chitinase and lysozyme activity.
著者: Kumar, S. / Kumar, A. / Patel, A.K.

履歴

登録	2018年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6idn.cif.gz	163 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6idn.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6idn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6idn_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6idn_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6idn_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6idn_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6idn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1hvqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h28-1 5i9b-d 3iiv-2 5ocq-2 4ehf-d 6cai-2 3lre-2 2mf2-d 6t2r-d 4qtx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ICChI, a glycosylated chitinase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.490, 59.490, 171.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質

ICChI, a glycosylated chitinase

分子量: 29998.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Ipomoea carnea (植物) / 参照: UniProt: A0A493R6X2*PLUS

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1026.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-2[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a212h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-5/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Xylp]{}[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

The authors submitted the sequence in GenBank Database (accession number: MH973622).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5mM Cobalt Chloride, 5mM Cadmium Chloride, 5mM Magnesium Chloride, 5mM Nickle Chloride, 100mM HEPES pH 7.0, 11% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98401 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98401 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 50243 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.5→3 Å / R_merge(I) obs: 0.28 / Num. unique obs: 50372

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HVQ

1hvq

解像度: 1.5→30 Å / SU ML: 0.1841 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.592

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2242	2521	5.02 %	Random selection
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.191	50243	99.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2119	0	147	343	2609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	2422
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8959	3339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0574	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	421
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.1128	1829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.53	0.33	148	0.3292	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.3597	136	0.3095	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.2787	139	0.2716	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.2696	150	0.2463	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.2664	141	0.2322	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.72	0.3011	148	0.231	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.77	0.2745	112	0.2235	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.82	0.2434	134	0.2073	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.2483	137	0.2057	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.97	0.2359	131	0.1914	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.2235	144	0.197	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.16	0.2233	142	0.1814	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.3	0.192	136	0.1815	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.48	0.2162	169	0.1798	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.73	0.2102	133	0.1808	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-3.12	0.2211	140	0.1835	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.12-3.93	0.192	138	0.1668	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.93-30.01	0.2148	143	0.1691	2900	X-RAY DIFFRACTION	98.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.77026331906	-0.20571480898	-0.417836202213	1.86549845085	-0.136099251975	2.51456393359	-0.262935227787	0.161822466709	-0.326184151835	-0.271343648848	0.109208519388	0.00816307494991	0.770069698626	-0.101857000059	0.144258805393	0.347053226207	-0.0324015754797	0.0113846512083	0.114625429398	-0.00672405282366	0.177899298143	10.1447405456	22.8928560291	26.7767922274
2	0.55937946449	-0.820072934216	-0.774880091133	2.32751015414	0.571115660903	2.70915779357	-0.434262270134	0.0954051478742	-0.383658029299	-0.12530261957	0.22022156302	0.130666332809	1.67577388678	-0.664182135929	0.294669691691	0.692767962525	-0.0810533612217	0.0686342949786	0.138971945246	-0.0135707610373	0.246055201224	6.27950486995	15.6926045631	31.9110101864
3	2.15113195132	-0.318697516466	-0.481561217757	3.16501472274	-0.624687412813	3.22442939579	-0.0241545383051	0.0181383780597	-0.0190742726042	-0.132485730195	0.0928180600744	0.176089334529	0.283456358392	-0.350728608436	-0.0795557009599	0.135594683942	-0.0169234554513	-0.0186179513556	0.124627392614	0.00575472292432	0.122090953816	3.90893780046	27.2468793665	40.1370535339
4	1.47724436663	0.63957629549	0.295496113764	2.34340052993	-0.566270117595	4.13759347174	-0.066216042136	-0.040353315835	0.00598893041897	-0.0157252658434	0.0493267703812	0.0744914018693	0.179332806885	-0.187046695189	0.0246555857535	0.0902209901181	-0.00081906959531	0.0157975018042	0.0983630734572	0.000139430950671	0.12337184756	7.93335330731	32.4617141467	40.1785495868
5	2.07223014707	1.3043591514	-1.04400425709	1.24206094707	0.761128589834	4.3842010264	-0.059089707946	-0.00212707575846	0.15724818172	-0.0549826340174	0.0858921753823	0.0569862197355	-0.222734258527	-0.272482991751	0.000172418659193	0.11432574628	0.019327159552	0.00710442666345	0.098968730282	-0.0107694584387	0.150396187246	9.38949632465	39.3111714211	31.9541785704
6	0.550932631501	0.414279277883	-0.166498916906	0.177499820817	-0.235994203523	9.03853889967	-0.0128033587549	0.0839415223948	0.0650687613017	-0.0112515644343	0.0808403744246	0.112861114485	-0.0981637026554	-0.370995833756	-0.0422847371972	0.106732227982	0.00222543089396	-0.00729441481255	0.107899286814	0.014151739674	0.171204581862	11.5836454616	41.3041483233	24.5678993052
7	1.3135367948	0.477443931982	0.471602657045	2.14684961284	0.406329896692	4.86675016346	-0.114156707213	0.165023024171	0.0611636831175	-0.0948712789373	0.0920288111189	0.0751486311062	-0.190032316104	-0.0105501801165	-0.00436161651891	0.103566523915	-0.0215499928361	0.00109162016373	0.117560055503	0.0128736708545	0.127731089075	15.5462785861	40.7692802219	19.9472686172
8	1.05686525174	0.562385485913	0.395449301425	2.20243483206	0.45298998003	5.85381055637	-0.0872329407218	0.173325285365	0.0123762174376	-0.0663790182909	0.169059857767	-0.228490145264	0.02699925903	0.568544713788	-0.0806983264793	0.101872055242	0.0117344876022	0.0141865990247	0.162529871291	-0.0122049790508	0.156909310368	22.119099876	37.2751689612	18.3396617447
9	9.15547058797	1.82142639389	-1.25568298231	4.49131495077	-0.165923378931	4.2918492397	-0.0966861509846	0.406122737214	-0.715117854517	-0.354933124506	0.0742771316148	-0.298296617659	0.939451847666	0.101432772443	0.0376745400258	0.363972720647	0.0290703572797	0.0285649315081	0.162493278479	-0.0247365543075	0.171550447906	17.6858745431	25.4213202798	14.7528191871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 115 through 148 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 149 through 167 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 168 through 195 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 233 through 256 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 257 through 272 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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