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万見
- PDB-6t2n: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t2n
タイトルProminent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown
要素Glycoside hydrolase family 16 protein
キーワードHYDROLASE / Human gut microbiota / mucin degradation / O-glycanases / GH16 / endo beta-galactosidase
機能・相同性: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / Glycoside hydrolase family 16 protein
機能・相同性情報
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. ...Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Ubranowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madubic, K. / Chater, P. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Spence, D.I.R. / Bolam, D.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M029018/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Prominent members of the human gut microbiota express endo-acting O-glycanases to initiate mucin breakdown.
著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / ...著者: Crouch, L.I. / Liberato, M.V. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Lamb, C.A. / Stewart, C.J. / Cooke, K. / Doona, M. / Needham, S. / Brady, R.R. / Berrington, J.E. / Madunic, K. / Wuhrer, M. / Chater, P. / Pearson, J.P. / Glowacki, R. / Martens, E.C. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Spencer, D.I.R. / Bolam, D.N.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Glycoside hydrolase family 16 protein
BBB: Glycoside hydrolase family 16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4624
ポリマ－73,3822
非ポリマー802
水00
1
AAA: Glycoside hydrolase family 16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7312
ポリマ－36,6911
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Glycoside hydrolase family 16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7312
ポリマ－36,6911
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.465, 96.128, 128.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 16 protein


分子量: 36690.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: C1I88_04035, CXT92_05930, EYB66_02710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8IRP0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Tri sodium citrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.9 Å / Num. obs: 33933 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4096 / CC1/2: 0.485

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WUT

5wut


解像度: 2.7→19.716 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.304 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1464 4.82 %
Rwork0.2334 --
all0.236 --
obs-30371 99.574 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.102 Å20 Å2-0 Å2
2---4.325 Å20 Å2
3---1.223 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4470 0 2 0 4472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0174184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2021.6516234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4561.5849750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.1415554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40422.991234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63915782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7831522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2370.24015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22087
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1040.22073
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0710.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2890.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2860.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0727.3092222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0727.3072221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.85710.9652774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.85710.9662775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3057.5932376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3047.5942377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.36611.2413460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.36511.2423461
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.69481.7355031
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.69381.6955029
LS精密化 シェル解像度: 11.936→19.716 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 10 -
Rwork0.257 304 -
obs--75.6627 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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