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万見
- PDB-2xy8: Paramagnetic-based NMR structure of the complex between the N- te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xy8
タイトルParamagnetic-based NMR structure of the complex between the N- terminal epsilon domain and the theta domain of the DNA polymerase III
要素
  • DNA POLYMERASE III SUBUNIT EPSILON
  • DNA POLYMERASE III SUBUNIT THETA
キーワードTRANSFERASE / DOCKING / EXPERIMENTAL RESTRAINTS / HADDOCK PROGRAM
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / DNA replication proofreading / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...DNA polymerase III, core complex / DNA polymerase III complex / DNA replication proofreading / lagging strand elongation / replisome / exonuclease activity / leading strand elongation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III-theta / DNA polymerase III-theta, bacterial / DNA polymerase III-theta superfamily / DNA polymerase III, theta subunit / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H ...DNA polymerase III-theta / DNA polymerase III-theta, bacterial / DNA polymerase III-theta superfamily / DNA polymerase III, theta subunit / DNA polymerase 3, epsilon subunit / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III subunit epsilon / DNA polymerase III subunit theta / DNA polymerase III subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / DATA-DRIVEN FLEXIBLE DOCKING
データ登録者Schmitz, C. / Bonvin, A.M.J.J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2011
タイトル: Protein-Protein Haddocking Using Exclusively Pseudocontact Shifts.
著者: Schmitz, C. / Bonvin, A.M.J.J.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2008
タイトル: Numbat: An Interactive Software Tool for Fitting Deltachi-Tensors to Molecular Coordinates Using Pseudocontact Shifts
著者: Schmitz, C. / Stanton-Cook, M.J. / Su, X.C. / Otting, G. / Huber, T.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Lanthanide Labeling Offers Fast NMR Approach to 3D Structure Determinations of Protein-Protein Complexes
著者: Pintacuda, G. / Park, A.Y. / Keniry, M.A. / Dixon, N.E. / Otting, G.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Haddock Versus Haddock: New Features and Performance of Haddock2.0 On the Capri Targets.
著者: de Vries, S.J. / van Dijk, A.D.J. / Krzeminski, M. / van Dijk, M. / Thureau, A. / Hsu, V. / Wassenaar, T. / Bonvin, A.M.J.J.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT EPSILON
B: DNA POLYMERASE III SUBUNIT THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6433
ポリマ－29,6032
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200TOP 10 STRUCTURES OF THE BEST CLUSTER
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE III SUBUNIT EPSILON


分子量: 20741.689 Da / 分子数: 1 / 断片: EXONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 1-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03007, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA POLYMERASE III SUBUNIT THETA


分子量: 8861.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0ABT0, UniProt: P0ABS8*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE COMPLEX WAS DOCKED USING PSEUDOCONTACT SHIFT ( PCS) RESTRAINTS.THE CONTENTS OF THE SAMPLE ARE SIMILAR TO THAT DESCRIBED IN LANTHANIDE LABELING OFFERS-FAST NMR APPROACH TO 3D STRUCTRE ...Text: THE COMPLEX WAS DOCKED USING PSEUDOCONTACT SHIFT ( PCS) RESTRAINTS.THE CONTENTS OF THE SAMPLE ARE SIMILAR TO THAT DESCRIBED IN LANTHANIDE LABELING OFFERS-FAST NMR APPROACH TO 3D STRUCTRE DETERMINATIONS OF PROTEIN-PROTEIN COMPLEXES. PINTACUDA ET ALL. JACS 2006

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 圧: 1 bar / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSA.T.BRUNGER,P.D.ADAMS,G.M.CLORE, W.L.DELANO,P.GROS,R.W.GROSSE-KUNSTLEVE, J.-S.JIANG,J.KUSZEWSKI,M.NILGES,N.S.PANNU, R.J.READ,L.M.RICE,T.SIMONSON,G.L.WARREN精密化
HADDOCK2.1-PARA BETABETADE VRIES構造決定
精密化手法: DATA-DRIVEN FLEXIBLE DOCKING / ソフトェア番号: 1
詳細: RUNNING WITHIN HADDOCK2.1-PARA BETA. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND AT THE FOLLOWING PUBLICATION: DE VRIES ET AL. PROTEINS 2007 (REFERENCE 3 IN REMARK 1).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOP 10 STRUCTURES OF THE BEST CLUSTER
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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