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万見
- PDB-6t0g: Crystal structure of CYP124 in complex with vitamin D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t0g
タイトルCrystal structure of CYP124 in complex with vitamin D3
要素Methyl-branched lipid omega-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome / P450 / CYP / vitaminD3 / D3 / vitamin / 124 / CYP124 / cholecalciferol / calciferol / tuberculosis / mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-VD3 / Methyl-branched lipid omega-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Marin, E. / Varaksa, T. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-54-00030 ロシア
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Metabolic Fate of Human Immunoactive Sterols in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Kovalev, K. / Maslov, I. / Luginina, A. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Shevtsov, M. / Smolskaya, S. ...著者: Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Kovalev, K. / Maslov, I. / Luginina, A. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Shevtsov, M. / Smolskaya, S. / Kavaleuskaya, A. / Shabunya, P. / Baranovsky, A. / Dolgopalets, V. / Charnou, Y. / Savachka, A. / Litvinovskaya, R. / Hurski, A. / Shevchenko, E. / Rogachev, A. / Mishin, A. / Gordeliy, V. / Gabrielian, A. / Hurt, D.E. / Nikonenko, B. / Majorov, K. / Apt, A. / Rosenthal, A. / Gilep, A. / Borshchevskiy, V. / Strushkevich, N.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1897
ポリマ－48,8391
非ポリマー1,3506
水13,475748
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.540, 75.110, 56.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyl-branched lipid omega-hydroxylase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4- ...Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25R)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 124 / Steroid C26-monooxygenase / Steroid C27-monooxygenase


分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp124, Rv2266, MTCY339.44c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

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非ポリマー , 5種, 754分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-VD3 / (1S,3Z)-3-[(2E)-2-[(1R,3AR,7AS)-7A-METHYL-1-[(2R)-6-METHYLHEPTAN-2-YL]-2,3,3A,5,6,7-HEXAHYDRO-1H-INDEN-4-YLIDENE]ETHYLI DENE]-4-METHYLIDENE-CYCLOHEXAN-1-OL / VITAMIN D3


分子量: 384.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.2M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. obs: 164106 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 10.83 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 3.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
4.92-303.21559120.9870.08596.7
3.48-4.923.115.133570.9880.07997.4
2.84-3.483.313.843900.9870.0998.9
2.46-2.843.411.952010.9830.10899.3
2.2-2.463.210.259190.9780.12999.2
2.01-2.23.18.864260.9720.1598.3
1.86-2.013.37.371090.960.18999.7
1.74-1.863.45.875900.9310.24599.7
1.64-1.743.24.381230.9010.31299.4
1.56-1.643.13.583890.8640.37797.9
1.48-1.562.889620.8040.46799.4
1.42-1.483.22.193760.6920.6299.5
1.36-1.423.11.697870.5990.75499.5
1.31-1.363.11.3100230.5160.87998.6
1.27-1.3131.1105840.4841.01999.4
1.23-1.273.10.9108350.3591.16999.5
1.19-1.232.90.8112520.3171.29899.5
1.16-1.192.70.6112780.2521.43897
1.13-1.162.60.5116920.2011.69997.7
1.1-1.132.60.4119430.1332.01397.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE2データ収集
XDS20180126データ削減
XSCALE20180409データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T0F

6t0f


解像度: 1.3→19.75 Å / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8375
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 4944 4.97 %
Rwork0.1631 --
obs0.1645 99549 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 71 748 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01183894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21845371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0884572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7411454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.33011360.27112489X-RAY DIFFRACTION77.5
1.31-1.330.26311530.26343088X-RAY DIFFRACTION97.27
1.33-1.350.28511400.24663206X-RAY DIFFRACTION98.85
1.35-1.360.27761620.24243159X-RAY DIFFRACTION99.43
1.36-1.380.26321650.24133199X-RAY DIFFRACTION99.56
1.38-1.40.29491970.23413184X-RAY DIFFRACTION99.56
1.4-1.420.24921760.21663124X-RAY DIFFRACTION99.43
1.42-1.440.23461820.21433159X-RAY DIFFRACTION99.64
1.44-1.460.26491590.21643195X-RAY DIFFRACTION99.73
1.46-1.490.25421690.20023167X-RAY DIFFRACTION99.43
1.49-1.510.22731610.18183185X-RAY DIFFRACTION99.52
1.51-1.540.22081780.18153183X-RAY DIFFRACTION99.35
1.54-1.570.22841710.1783191X-RAY DIFFRACTION98.91
1.57-1.60.2111620.17183043X-RAY DIFFRACTION96.86
1.6-1.640.19821520.16353159X-RAY DIFFRACTION98.31
1.64-1.680.22081820.16493175X-RAY DIFFRACTION99.17
1.68-1.720.21491760.1683207X-RAY DIFFRACTION99.47
1.72-1.760.19731650.15733158X-RAY DIFFRACTION99.76
1.76-1.820.19151830.15093171X-RAY DIFFRACTION99.79
1.82-1.870.18311420.13893226X-RAY DIFFRACTION99.76
1.87-1.940.18161590.13793223X-RAY DIFFRACTION99.85
1.94-2.020.17431580.13743218X-RAY DIFFRACTION99.7
2.02-2.110.15091890.13813147X-RAY DIFFRACTION99.67
2.11-2.220.16451490.13443149X-RAY DIFFRACTION97.26
2.22-2.360.17341580.13943216X-RAY DIFFRACTION99.68
2.36-2.540.16211720.15233166X-RAY DIFFRACTION99.26
2.54-2.80.18011780.15523188X-RAY DIFFRACTION99.47
2.8-3.20.17331700.15813207X-RAY DIFFRACTION99.06
3.2-4.030.15031580.1533181X-RAY DIFFRACTION98.03
4.03-19.750.17011420.16023242X-RAY DIFFRACTION97.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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