PDB-6syp: Human DHODH bound to inhibitor IPP/CNRS-A017

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6syp

タイトル

Human DHODH bound to inhibitor IPP/CNRS-A017

要素

Dihydroorotate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dihydroorotate dehydrogenase Inhibitor Complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kraemer, A. / Janin, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Curr Res Chem Biol / 年: 2022
タイトル: IPP/CNRS-A017: A chemical probe for human dihydroorotate dehydrogenase (hDHODH)
著者: Kramer, A. / Tjaden, A. / Ndreshkjana, B. / Tredup, C. / Farin, H.F. / Knapp, S. / Janin, Y.L. / Muller, S.

履歴

登録	2019年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6syp.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6syp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6syp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mutS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rli-d 5k9d-d 1wck-1 3tq4-1 2r6q-1 6kme-d 3tyj-1 3kvj-d 4yf4-2 5k9c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Dihydroorotate dehydrogenase

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.565, 90.565, 122.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase 分子量: 42929.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFN2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 5種, 150分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-M0B / 2-[4-[2,6-bis(fluoranyl)phenoxy]-5-methyl-3-propan-2-yloxy-pyrazol-1-yl]-5-cyclopropyl-3-fluoranyl-pyridine / 2-(3-イソプロピルオキシ-4-(2,6-ジフルオロフェノキシ)-5-メチル-1H-ピラゾ-ル-1-イル)-3-フル(以下略) 分子量: 403.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀F₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 32% PEG 400 0.2M KSCN 0.2M NaBr 0.1M acetate 4.8 / PH範囲: 4.8 - 5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.293 Å / Num. obs: 54364 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 3192 / CC_1/2: 0.691

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MUT

5mut

解像度: 1.8→48.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.943 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2026	2621	4.825 %
R_work	0.1817	-	-
all	0.183	-	-
obs	-	54321	99.932 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.245 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.418 Å²	0.209 Å²	-0 Å²
2-	-	0.418 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.357 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2613	0	76	146	2835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.663	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.269	1.6	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.464	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.604	20.435	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.25	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.815	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.519	2.96	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.518	2.961	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.344	4.432	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.338	4.433	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.147	3.246	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.146	3.246	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.441	4.76	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.44	4.761	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.991	35.138	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.908	34.903	3044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.258	187	0.253	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.897	0.262	166	0.24	3698	X-RAY DIFFRACTION	99.9224
1.897-1.952	0.221	222	0.215	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.012	0.23	191	0.2	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.012-2.078	0.23	194	0.188	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.18	130	0.177	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.232	0.199	136	0.174	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.323	0.21	131	0.162	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.427	0.207	172	0.168	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.181	163	0.169	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.682	0.231	109	0.183	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.7145
2.682-2.845	0.172	118	0.169	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.041	0.179	114	0.171	2380	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
3.041-3.284	0.177	127	0.167	2200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.284-3.597	0.175	92	0.171	2088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.597-4.021	0.218	106	0.177	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
4.021-4.641	0.189	84	0.171	1656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.641-5.679	0.212	92	0.183	1389	X-RAY DIFFRACTION	98.7333
5.679-8.01	0.218	58	0.21	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.8309
8.01-48.25	0.237	29	0.208	670	X-RAY DIFFRACTION	99.431

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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