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- PDB-3tyj: Bacillus collagen-like protein of anthracis P159S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyj
タイトルBacillus collagen-like protein of anthracis P159S mutant
要素BclA protein
キーワードPROTEIN BINDING / exosporium
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / regulation of phagocytosis / extracellular matrix organization / extracellular space
類似検索 - 分子機能
BclA, C-terminal domain / BclA C-terminal domain / Leader peptide, exosporium / : / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kirchdoerfer, R.N. / Herrin, B.R. / Han, B.W. / Turnbough Jr., C.L. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Variable Lymphocyte Receptor Recognition of the Immunodominant Glycoprotein of Bacillus anthracis Spores.
著者: Kirchdoerfer, R.N. / Herrin, B.R. / Han, B.W. / Turnbough, C.L. / Cooper, M.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BclA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6771
ポリマ－15,6771
非ポリマー00
水1,910106
1
A: BclA protein

A: BclA protein

A: BclA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0303
ポリマ－47,0303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.152, 68.152, 163.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-228-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BclA protein / Spore surface glycoprotein BclA


分子量: 15676.677 Da / 分子数: 1 / 断片: BclA-CTD / 変異: P159S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BA_1222, bclA, GBAA_1222 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81JD7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.02
詳細: 0.7M ammonium phosphate monobasic, 100mM sodium citrate, pH 5.02, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月2日
放射モノクロメーター: Double Crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 12588 / Num. obs: 12588 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 617 / Rsym value: 0.647 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERfor MRr位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2R6Q

2r6q


解像度: 2.15→34.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23395 619 4.9 %RANDOM
Rwork0.20744 ---
obs0.20865 11957 96.91 %-
all-11957 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20.38 Å20 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 0 0 106 1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9881353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.57431504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7935143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85727.225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.22115150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7651.5680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40521108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7273302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1224.5241
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 40 -
Rwork0.25 840 -
obs--95.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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