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- PDB-6sym: Crystal structure of Escherichia coli MsrB (reduced form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sym
タイトルCrystal structure of Escherichia coli MsrB (reduced form)
要素Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / Zinc-binding / R-Methionine sulfoxide reductase / Oxidative stress
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine-(R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / response to cadmium ion / response to oxidative stress / iron ion binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Mss4-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6302 Å
データ登録者Napolitano, S. / Zyla, D. / Glockshuber, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB at 1.63 Angstrom resolution
著者: Napolitano, S. / Zyla, D. / Glockshuber, R.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3134
ポリマ－31,1822
非ポリマー1312
水3,153175
1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6572
ポリマ－15,5911
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6572
ポリマ－15,5911
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.390, 56.270, 85.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide-methionine (R)-S-oxide reductase


分子量: 15591.161 Da / 分子数: 2 / 変異: CYS118CAF / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: msrB, yeaA, b1778, JW1767 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A746, peptide-methionine (R)-S-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 % / 解説: Small rectangular shape.
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6, 30% PEG 2K MME, 0.2M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月25日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 61381 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.776 % / Biso Wilson estimate: 34.726 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.63-1.671.6771.2150.6941400.3051.64389.4
1.67-1.721.7070.9770.8842950.4061.31595.5
1.72-1.775.2171.1441.5343080.6081.25498.6
1.77-1.827.8691.0292.1842140.7381.10499.9
1.82-1.887.5150.8152.6741100.7860.87899.9
1.88-1.957.490.6963.0839620.850.74899.8
1.95-2.028.1080.5714.0338140.8780.61299.9
2.02-2.17.8450.4055.5236890.9460.435100
2.1-2.27.6160.3156.6935240.9580.34100
2.2-2.317.4280.2358.9133900.9730.25499.9
2.31-2.437.3450.20810.6732190.9820.22499.9
2.43-2.586.9560.19912.3730150.9730.21799.6
2.58-2.767.9820.1915.0928620.9840.20499.8
2.76-2.988.6570.17518.126690.9840.186100
2.98-3.268.5970.14319.4324080.9930.15399.8
3.26-3.658.3280.11321.0322120.9940.12199.8
3.65-4.217.9060.09322.2319400.9950.09999.8
4.21-5.167.140.07721.9816400.9960.08399.1
5.16-7.298.6070.08324.1912760.9950.089100
7.29-7.298.4410.06926.346940.9930.073100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model obtained from Phyre2

解像度: 1.6302→47.0417 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /
反射数%反射
obs61381 98.7 %
原子変位パラメータBiso max: 108.22 Å2 / Biso mean: 38.8396 Å2 / Biso min: 18.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6302→47.0417 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2091 0 2 175 2268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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