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万見
- PDB-6syk: Guanine-rich oligonucleotide with 5'- and 3'-GC ends form G-quadr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syk
タイトルGuanine-rich oligonucleotide with 5'- and 3'-GC ends form G-quadruplex with A(GGGG)A hexad, GCGC- and G-quartets and two symmetric GG and AA base pair
要素GCnCG
キーワードDNA / G-quadruplex / A(GGGG)A hexad / GCGC-quartet / 5'- and 3'-GC ends
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pavc, D. / Wang, B. / Spindler, L. / Drevensek-Olenik, I. / Plavec, J. / Sket, P.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research Agency スロベニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: GC ends control topology of DNA G-quadruplexes and their cation-dependent assembly.
著者: Pavc, D. / Wang, B. / Spindler, L. / Drevensek-Olenik, I. / Plavec, J. / Sket, P.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCnCG
B: GCnCG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9042
ポリマ－8,9042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1540 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area4420 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 GCnCG


分子量: 4451.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic12D NOESY
222isotropic22D NOESY
333isotropic12D NOESY
343isotropic22D NOESY
353isotropic22D TOCSY
262isotropic22D DQF-COSY
373isotropic22D 1H-31P COSY
181isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM 8% 13C, 8% 15N GCnCG, 175 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2OSite-specific 13C,15N labelled samples used for unambiguous assignment13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM GCnCG, 175 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2Ounlabelled_sample90% H2O/10% D2O
solution31 mM GCnCG, 175 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate buffer, 100% D2Ounlabelled_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMGCnCG8% 13C, 8% 15N1
175 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphate buffernatural abundance1
1 mMGCnCGnatural abundance2
175 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphate buffernatural abundance2
1 mMGCnCGnatural abundance3
175 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMsodium phosphate buffernatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1175 mM13C15N_sample_conditions6.8 1 atm298 K
2175 mMunlabelled_sample_conditions6.8 1 atm298 K
3175 mMunlabelled_sample_D2O_conditions6.8 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent Agilent Technologies VNMRS 800 MHz NMR spectrometerAgilentAgilent Technologies VNMRS 800 MHz NMR spectrometer8001
Agilent Agilent Technologies DD2 600 MHz NMR spectrometerAgilentAgilent Technologies DD2 600 MHz NMR spectrometer6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
VNMRVarian解析
VNMRVarianchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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