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万見
- PDB-6syj: Crystal structure of a ProM2 containing triple-helical collagen p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syj
タイトルCrystal structure of a ProM2 containing triple-helical collagen peptide.
要素ProM2 containing collagen model peptide.
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Collagen model peptide / protein engineering / collagen stability
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.81 Å
データ登録者Gebauer, J.M. / Maassen, A. / Schmalz, H.-G. / Baumann, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationINST 216/682-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Triple-Helix-Stabilizing Effects in Collagen Model Peptides Containing PPII-Helix-Preorganized Diproline Modules.
著者: Maassen, A. / Gebauer, J.M. / Theres Abraham, E. / Grimm, I. / Neudorfl, J.M. / Kuhne, R. / Neundorf, I. / Baumann, U. / Schmalz, H.G.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ProM2 containing collagen model peptide.
B: ProM2 containing collagen model peptide.
C: ProM2 containing collagen model peptide.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6773
ポリマ－8,6773
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, The collagen triple helix was confirmed by CD spectroscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area4970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.080, 22.850, 53.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ProM2 containing collagen model peptide.


分子量: 2892.248 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.1 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.81→25.26 Å / Num. obs: 57795 / % possible obs: 92.26 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03824 / Rpim(I) all: 0.01637 / Rrim(I) all: 0.04171 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル解像度: 0.81→0.839 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8166 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 3409 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.5215 / Rrim(I) all: 0.9748 / % possible all: 55.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17rc5-3630精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AH9

3ah9


解像度: 0.81→25.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1363 1994 3.45 %Random selection (Phenix)
Rwork0.1282 ---
obs-57691 92.26 %-
原子変位パラメータBiso mean: 9.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.81→25.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数587 0 0 163 750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0208754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.90661096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7764344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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