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- PDB-6sy7: Structure of Trypanosome Brucei Phosphofructokinase in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sy7
タイトルStructure of Trypanosome Brucei Phosphofructokinase in complex with AMP.
要素ATP-dependent 6-phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / Glycolysis / AMP / Allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / glycosome / fructose 6-phosphate metabolic process / phosphate ion binding / glycolytic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase TP0108-type / : / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BENZENE / ATP-dependent 6-phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者McNae, I.W. / Vasquez-Valdivieso, M.G. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Kinetic and structural studies of Trypanosoma and Leishmania phosphofructokinases show evolutionary divergence and identify AMP as a switch regulating glycolysis versus gluconeogenesis.
著者: Fernandes, P.M. / Kinkead, J. / McNae, I.W. / Vasquez-Valdivieso, M. / Wear, M.A. / Michels, P.A.M. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
E: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
F: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
G: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
H: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,88632
ポリマ－428,7478
非ポリマー4,13924
水11,530640
1
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,44316
ポリマ－214,3734
非ポリマー2,07012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31000 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area62330 Å2
手法PISA
2
E: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
F: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
G: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
H: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,44316
ポリマ－214,3734
非ポリマー2,07012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31060 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area61830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.395, 133.711, 271.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase / Phosphohexokinase


分子量: 53593.348 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: pfk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15648, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物
ChemComp-BNZ / BENZENE / ベンゼン


分子量: 78.112 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→39.81 Å / Num. obs: 111370 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.848 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5467 / CC1/2: 0.694 / Rpim(I) all: 0.398 / Rrim(I) all: 0.808

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F5M

3f5m


解像度: 2.75→39.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs111370 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28017 0 280 640 28937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013828784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8438962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12054446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00595045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.747417467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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