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- PDB-3f5m: Crystal Structure of ATP-Bound Phosphofructokinase from Trypanoso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f5m
タイトルCrystal Structure of ATP-Bound Phosphofructokinase from Trypanosoma brucei
要素6-phospho-1-fructokinase (ATP-dependent phosphofructokinase)
キーワードTRANSFERASE / 6-phospho-1-fructokinase / glycolysis / ATP binding / kinase activity / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / glycosome / fructose 6-phosphate metabolic process / phosphate ion binding / glycolytic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-dependent phosphofructokinase TP0108-type / : / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP-dependent 6-phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者McNae, I.W. / Martinez-Oyanedel, J. / Keillor, J.W. / Michels, P.A.M. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of ATP-bound phosphofructokinase from Trypanosoma brucei reveals conformational transitions different from those of other phosphofructokinases.
著者: McNae, I.W. / Martinez-Oyanedel, J. / Keillor, J.W. / Michels, P.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phospho-1-fructokinase (ATP-dependent phosphofructokinase)
B: 6-phospho-1-fructokinase (ATP-dependent phosphofructokinase)
C: 6-phospho-1-fructokinase (ATP-dependent phosphofructokinase)
D: 6-phospho-1-fructokinase (ATP-dependent phosphofructokinase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,84718
ポリマ－214,3734
非ポリマー2,47414
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24950 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area65660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.578, 117.570, 176.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 10:45 OR RESSEQ 55:66 OR RESSEQ 72:333 OR RESSEQ 338:482 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 10:45 OR RESSEQ 55:66 OR RESSEQ 72:333 OR RESSEQ 338:482 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 10:45 OR RESSEQ 55:66 OR RESSEQ 72:333 OR RESSEQ 338:482 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 10:45 OR RESSEQ 55:66 OR RESSEQ 72:333 OR RESSEQ 338:482 )

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
6-phospho-1-fructokinase (ATP-dependent phosphofructokinase)


分子量: 53593.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15648, 6-phosphofructokinase

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非ポリマー , 6種, 442分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.3-2.7 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.896 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.896 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15.88 Å / Num. all: 54525 / Num. obs: 54525 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 36.15 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7872 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HIG

2hig


解像度: 2.7→15.879 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2856 2775 5.1 %Random
Rwork0.2236 ---
obs0.2268 54434 97.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.189 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.427 Å20 Å20 Å2
2---0.508 Å2-0 Å2
3---0.081 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14207 0 148 428 14783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25919732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5665420
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
13C3514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
14D3514X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74630.36761390.30912547X-RAY DIFFRACTION97
2.7463-2.7960.35031460.28052527X-RAY DIFFRACTION98
2.796-2.84950.33741480.26832521X-RAY DIFFRACTION98
2.8495-2.90730.31981430.25352552X-RAY DIFFRACTION98
2.9073-2.97010.35241380.2482542X-RAY DIFFRACTION98
2.9701-3.03870.33831320.23062588X-RAY DIFFRACTION98
3.0387-3.11420.28011440.22242579X-RAY DIFFRACTION99
3.1142-3.19770.27051400.21542562X-RAY DIFFRACTION98
3.1977-3.2910.28311350.22942575X-RAY DIFFRACTION99
3.291-3.39620.31271460.20172571X-RAY DIFFRACTION99
3.3962-3.51640.25441410.20422593X-RAY DIFFRACTION99
3.5164-3.65550.24371480.18692596X-RAY DIFFRACTION99
3.6555-3.81970.28151570.19552589X-RAY DIFFRACTION99
3.8197-4.0180.26581170.17612617X-RAY DIFFRACTION98
4.018-4.26510.23461290.18392591X-RAY DIFFRACTION98
4.2651-4.58710.25541520.17932603X-RAY DIFFRACTION98
4.5871-5.03530.23851170.18362613X-RAY DIFFRACTION98
5.0353-5.73360.2511370.20632618X-RAY DIFFRACTION97
5.7336-7.1140.27171210.24222642X-RAY DIFFRACTION97
7.114-15.87910.28371450.24022633X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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