[日本語] English
万見
- PDB-6sy0: Structure of the Plasmodium falciparum SIP2 DNA-binding AP2 tande... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sy0
タイトルStructure of the Plasmodium falciparum SIP2 DNA-binding AP2 tandem repeat in complex with two SPE2 half-sites
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
  • Transcription factor with AP2 domain(S)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Plasmodium falciparum malaria Subtelomeric repeat var genes
機能・相同性telomeric DNA binding / nuclear periphery / DNA / DNA (> 10) / AP2 domain transcription factor
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Reiter, D. / Kantsadi, A. / Vakonakis, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional analysis of the Plasmodium falciparum SIP2 DNA binding domain
著者: Niederwieser, I. / Reiter, D. / Kantsadi, A. / Voss, T. / Vakonakis, I.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription factor with AP2 domain(S)
B: Transcription factor with AP2 domain(S)
C: Transcription factor with AP2 domain(S)
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9609
ポリマ－82,9609
非ポリマー00
水00
1
B: Transcription factor with AP2 domain(S)
E: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6533
ポリマ－27,6533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transcription factor with AP2 domain(S)
F: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6533
ポリマ－27,6533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
3
C: Transcription factor with AP2 domain(S)
K: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6533
ポリマ－27,6533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.350, 43.720, 153.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.17, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor with AP2 domain(S)


分子量: 16618.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0604100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6KSN9
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量: 5517.566 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.16 M calcium acetate 100 mM cacodylic acid 6.5% w/v PEG 8000 20% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→153.6 Å / Num. obs: 19852 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 15.24
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.088 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 1912 / CC1/2: 0.927 / Rrim(I) all: 1.164 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.102→43.931 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3184 963 5 %0
Rwork0.2736 ---
obs0.2758 18302 96.72 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→43.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3135 2196 0 0 5331

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る