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万見
- PDB-6sx3: Intercalation of heterocyclic ligand between quartets in G-rich t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sx3
タイトルIntercalation of heterocyclic ligand between quartets in G-rich tetrahelical structure
要素VK2
キーワードDNA / Intercalation AGCGA-quadruplex G-quadruplex Heterocyclic ligand
機能・相同性Chem-LWQ / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kotar, A. / Kocman, V. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyJ1-1704 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Intercalation of a Heterocyclic Ligand between Quartets in a G-Rich Tetrahelical Structure.
著者: Kotar, A. / Kocman, V. / Plavec, J.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3382
ポリマ－9,8881
非ポリマー4501
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5690 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 VK2


分子量: 9888.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in PLEKHG3 human gene
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-LWQ / ~{N}2,~{N}6-bis(1-methylquinolin-1-ium-3-yl)pyridine-2,6-dicarboxamide / 3,3′-[2,6-ピリジンジイルビス(カルボニルイミノ)]ビス(1-メチルキノリニウム)


分子量: 449.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23N5O2
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic22D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic12D 1H-15N HSQC
152isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.35 mM VK2, 100 mM LiCl, 90% H2O/10% D2Ounlabelled90% H2O/10% D2O
solution20.35 mM 10% Residue-specific labrelling VK2, 100 mM LiCl, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2OResidue-specific partially 15N, 13C-labelled (10% guanine residues) oligonucleotides
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMVK2natural abundance1
100 mMLiClnatural abundance1
0.35 mMVK210% Residue-specific labrelling2
100 mMLiClnatural abundance2
試料状態詳細: pH value of the samples was set to 6 with the use of LiOH and HCl.
イオン強度: 100 mM / Label: Conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent ASC Agilent Technologies Superconducting MagnetAgilentASC Agilent Technologies Superconducting Magnet6001
Agilent Oxford Superconducting MagnetAgilentOxford Superconducting Magnet8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
VNMRVarian解析
VNMRVarianchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
Amber18Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber18Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing6
simulated annealing7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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