PDB-6swo: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH iBET-BD1 (GSK778)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6swo

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH iBET-BD1 (GSK778)

要素

Bromodomain-containing protein 2

BRD2

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

INHIBITOR (酵素阻害剤) /

HISTONE (ヒストン) / EPIGENETIC READER /

BROMODOMAIN (ブロモドメイン) /

BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 /

ANTAGONIST (受容体拮抗薬)

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin looping / acetylation-dependent protein binding / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding /

nucleosome assembly /

精子形成 / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Selective targeting of BD1 and BD2 of the BET proteins in cancer and immunoinflammation.
著者: Gilan, O. / Rioja, I. / Knezevic, K. / Bell, M.J. / Yeung, M.M. / Harker, N.R. / Lam, E.Y.N. / Chung, C.W. / Bamborough, P. / Petretich, M. / Urh, M. / Atkinson, S.J. / Bassil, A.K. / ...

履歴

登録	2019年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6swo.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6swo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6swo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6swnC 6swpC 6swqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v0x-d 5dfb-d 6yim-d 4uyg-6 4mr5-d 5u6v-d 4uyg-4 5fe2-1 3oni-d 5uer-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.974, 52.713, 32.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / BRD2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-LWB / 4-[2-(methoxymethyl)-1-[(1~{R})-1-phenylethyl]-8-[[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]methoxy]imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole 分子量: 511.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→26.26 Å / Num. obs: 15926 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1752 / CC_1/2: 0.603

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.601→26.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.747 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	821	5.194 %
R_work	0.1673	-	-
all	0.169	-	-
obs	-	15807	94.778 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.189 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.285 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.474 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→26.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	910	0	46	172	1128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.644	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.261	1.64	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.082	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.09	22	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.587	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.188	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.123	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.109	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.047	2.413	445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.037	2.399	443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.754	5.404	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.755	5.419	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.836	2.872	551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.835	2.873	552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.04	6.241	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.038	6.244	790
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.237	24.829	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.826	23.32	1149

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.601-1.642	0.251	41	0.253	746	0.253	1188	0.909	0.869	66.2458	0.231
1.642-1.687	0.271	43	0.257	912	0.258	1191	0.843	0.844	80.1847	0.225
1.687-1.736	0.256	52	0.2	1039	0.202	1114	0.841	0.889	97.9354	0.18
1.736-1.789	0.235	53	0.203	1066	0.204	1130	0.914	0.92	99.0266	0.18
1.789-1.848	0.224	46	0.181	1024	0.182	1077	0.902	0.934	99.35	0.155
1.848-1.912	0.197	57	0.179	973	0.18	1039	0.935	0.942	99.1338	0.151
1.912-1.984	0.192	43	0.159	972	0.16	1023	0.93	0.955	99.218	0.136
1.984-2.064	0.186	51	0.151	904	0.153	971	0.964	0.96	98.3522	0.125
2.064-2.156	0.184	49	0.159	894	0.16	950	0.948	0.959	99.2632	0.133
2.156-2.26	0.194	55	0.15	826	0.152	888	0.952	0.964	99.2117	0.12
2.26-2.381	0.176	46	0.145	816	0.147	867	0.954	0.964	99.4233	0.112
2.381-2.524	0.228	49	0.153	743	0.157	805	0.943	0.963	98.3851	0.122
2.524-2.697	0.191	41	0.145	740	0.148	792	0.955	0.965	98.6111	0.116
2.697-2.911	0.172	30	0.158	677	0.159	714	0.968	0.965	99.0196	0.133
2.911-3.184	0.195	40	0.167	612	0.169	662	0.954	0.964	98.4894	0.143
3.184-3.554	0.158	39	0.154	579	0.154	625	0.974	0.971	98.88	0.136
3.554-4.091	0.148	28	0.161	507	0.16	542	0.979	0.973	98.7085	0.152
4.091-4.981	0.196	24	0.155	430	0.157	462	0.97	0.976	98.2684	0.149
4.981-6.921	0.181	19	0.175	342	0.175	386	0.964	0.969	93.5233	0.167
6.921-26.357	0.22	15	0.216	184	0.216	246	0.969	0.957	80.8943	0.217

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)