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万見
- PDB-6sw5: Crystal structure of the human S-adenosylmethionine synthetase 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sw5
タイトルCrystal structure of the human S-adenosylmethionine synthetase 1 (ligand-free form)
要素S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
キーワードTRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective MAT1A causes MATD / L-methionine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / methionine adenosyltransferase complex / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / one-carbon metabolic process ...Defective MAT1A causes MATD / L-methionine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / methionine adenosyltransferase complex / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / one-carbon metabolic process / protein homotetramerization / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Panmanee, J. / Antoyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of the dominant inheritance of hypermethioninemia associated with the Arg264His mutation in the MAT1A gene.
著者: Panmanee, J. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,77218
ポリマ－174,8154
非ポリマー95714
水7,188399
1
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,11612
ポリマ－87,4082
非ポリマー70910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area26980 Å2
手法PISA
2
C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6566
ポリマ－87,4082
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area27700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.684, 61.000, 119.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
S-adenosylmethionine synthase isoform type-1 / AdoMet synthase 1 / Methionine adenosyltransferase 1 / MAT 1 / Methionine adenosyltransferase I/III ...AdoMet synthase 1 / Methionine adenosyltransferase 1 / MAT 1 / Methionine adenosyltransferase I/III / MAT-I/III


分子量: 43703.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Liver / Cell: Hepatocyte / 遺伝子: MAT1A, AMS1, MATA1 / 器官: Liver / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00266, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 % / 解説: Plate shape
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM NaF, 20 % PEG 3350 and 15 % ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→58.76 Å / Num. obs: 66266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.335 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4425 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.686 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OBV

2obv


解像度: 2.35→58.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.642 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.246
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 3386 5.1 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1908 62849 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.88 Å2 / Biso mean: 35.909 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å2-2.73 Å2
2---1.8 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→58.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11179 0 62 408 11649
Biso mean--46.88 32.34 -
残基数----1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9615514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.951325004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.26851440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41123.707499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.539151959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7611580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022313
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 238 -
Rwork0.255 4614 -
all-4852 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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