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- PDB-6svf: Crystal structure of the P235GK mutant of ArgBP from T. maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6svf
タイトルCrystal structure of the P235GK mutant of ArgBP from T. maritima
要素Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / DOMAIN SWAPPING / MUTAGENESIS / SUBSTRATE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / amino acid binding / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins.
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vitagliano, L. / Berisio, R. / Esposito, L. / Balasco, N. / Smaldone, G. / Ruggiero, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: The non-swapped monomeric structure of the arginine-binding protein from Thermotoga maritima.
著者: Smaldone, G. / Ruggiero, A. / Balasco, N. / Abuhammad, A. / Autiero, I. / Caruso, D. / Esposito, D. / Ferraro, G. / Gelardi, E.L.M. / Moreira, M. / Quareshy, M. / Romano, M. / Saaret, A. / ...著者: Smaldone, G. / Ruggiero, A. / Balasco, N. / Abuhammad, A. / Autiero, I. / Caruso, D. / Esposito, D. / Ferraro, G. / Gelardi, E.L.M. / Moreira, M. / Quareshy, M. / Romano, M. / Saaret, A. / Selvam, I. / Squeglia, F. / Troisi, R. / Kroon-Batenburg, L.M.J. / Esposito, L. / Berisio, R. / Vitagliano, L.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6932
ポリマ－25,5181
非ポリマー1751
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.720, 52.964, 95.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量: 25518.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ62
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein concentration in the range 6-10 mg/ml in a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 5 % (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 30630 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 2798 / Rpim(I) all: 0.227 / Rrim(I) all: 0.345 / Rsym value: 0.258

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
EVAL15データ削減
EVAL15データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GGP

6ggp


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.94 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.098
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 1420 4.6 %RANDOM
Rwork0.1709 ---
obs0.173 29166 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 47.88 Å2 / Biso mean: 14.06 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 12 355 2165
Biso mean--7.25 29.01 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0321.9852556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0534300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8375245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.54924.33783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23715356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6251513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02383
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 93 -
Rwork0.3 1934 -
all-2027 -
obs--89.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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