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万見
- PDB-6sup: Crystal Structure of TcdB2-TccC3-Cdc42 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sup
タイトルCrystal Structure of TcdB2-TccC3-Cdc42
要素TcdB2,TccC3,Cell division control protein 42 homolog
キーワードTOXIN / Toxins / Tc Toxins
機能・相同性
機能・相同性情報


GBD domain binding / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / dendritic cell migration / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / storage vacuole / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / neuron fate determination ...GBD domain binding / Golgi transport complex / positive regulation of pinocytosis / dendritic cell migration / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / storage vacuole / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / neuron fate determination / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cardiac conduction system development / host-mediated perturbation of viral process / regulation of filopodium assembly / leading edge membrane / neuropilin signaling pathway / establishment of Golgi localization / GTP-dependent protein binding / adherens junction organization / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / regulation of stress fiber assembly / embryonic heart tube development / RHO GTPases activate KTN1 / DCC mediated attractive signaling / regulation of postsynapse organization / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of filopodium assembly / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of mitotic nuclear division / phagocytosis, engulfment / RHOV GTPase cycle / nuclear migration / small GTPase-mediated signal transduction / Myogenesis / heart contraction / positive regulation of cytokinesis / establishment of cell polarity / spindle midzone / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of lamellipodium assembly / GPVI-mediated activation cascade / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / substantia nigra development / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / actin filament organization / EGFR downregulation / small monomeric GTPase / integrin-mediated signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / regulation of actin cytoskeleton organization / filopodium / RHO GTPases Activate Formins / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to type II interferon / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / endocytosis / G beta:gamma signalling through CDC42 / apical part of cell / mitotic spindle / cell-cell junction / ubiquitin protein ligase activity / intracellular protein localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / G protein activity / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / midbody / neuron projection / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat ...Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / Cdc42 / Rhs repeat-associated core / : / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Integrin alpha, N-terminal / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 42 homolog / TccC3 / TcdB2
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Roderer, D. / Schubert, E. / Sitsel, O. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Towards the application of Tc toxins as a universal protein translocation system.
著者: Daniel Roderer / Evelyn Schubert / Oleg Sitsel / Stefan Raunser /
要旨: Tc toxins are bacterial protein complexes that inject cytotoxic enzymes into target cells using a syringe-like mechanism. Tc toxins are composed of a membrane translocator and a cocoon that ...Tc toxins are bacterial protein complexes that inject cytotoxic enzymes into target cells using a syringe-like mechanism. Tc toxins are composed of a membrane translocator and a cocoon that encapsulates a toxic enzyme. The toxic enzyme varies between Tc toxins from different species and is not conserved. Here, we investigate whether the toxic enzyme can be replaced by other small proteins of different origin and properties, namely Cdc42, herpes simplex virus ICP47, Arabidopsis thaliana iLOV, Escherichia coli DHFR, Ras-binding domain of CRAF kinase, and TEV protease. Using a combination of electron microscopy, X-ray crystallography and in vitro translocation assays, we demonstrate that it is possible to turn Tc toxins into customizable molecular syringes for delivering proteins of interest across membranes. We also infer the guidelines that protein cargos must obey in terms of size, charge, and fold in order to apply Tc toxins as a universal protein translocation system.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TcdB2,TccC3,Cell division control protein 42 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,9034
ポリマ－240,8311
非ポリマー733
水23,0411279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area86710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.350, 156.550, 179.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TcdB2,TccC3,Cell division control protein 42 homolog / G25K GTP-binding protein


分子量: 240830.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: tcdB2, TccC3, CDC42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GF99, UniProt: Q8GF97, UniProt: P60953, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.5, 12 % PEG 4000 Seeding: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M tri-sodium acetate pH 4.6, 12 % PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.17 Å / Num. obs: 182401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.81
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 18014 / CC1/2: 0.688

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
XSCALEVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O9X

4o9x


解像度: 2→48.17 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 --
Rwork0.287 --
obs-182143 99.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17002 0 3 1282 18287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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