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- PDB-5esv: Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5esv | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade C Superinfecting Strain of Donor CAP256. | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Env / V1V2 / CH0219 / CHAVI / scaffold / CAP256 | |||||||||
Function / homology | ![]() 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CD22 mediated BCR regulation ...2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / CD22 mediated BCR regulation / terpenoid biosynthetic process / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / blood microparticle / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gorman, J. / Yang, M. / Kwong, P.D. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structures of HIV-1 Env V1V2 with broadly neutralizing antibodies reveal commonalities that enable vaccine design. Authors: Gorman, J. / Soto, C. / Yang, M.M. / Davenport, T.M. / Guttman, M. / Bailer, R.T. / Chambers, M. / Chuang, G.Y. / DeKosky, B.J. / Doria-Rose, N.A. / Druz, A. / Ernandes, M.J. / Georgiev, I.S. ...Authors: Gorman, J. / Soto, C. / Yang, M.M. / Davenport, T.M. / Guttman, M. / Bailer, R.T. / Chambers, M. / Chuang, G.Y. / DeKosky, B.J. / Doria-Rose, N.A. / Druz, A. / Ernandes, M.J. / Georgiev, I.S. / Jarosinski, M.C. / Joyce, M.G. / Lemmin, T.M. / Leung, S. / Louder, M.K. / McDaniel, J.R. / Narpala, S. / Pancera, M. / Stuckey, J. / Wu, X. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Program, N.C. / Mullikin, J.C. / Baxa, U. / Georgiou, G. / McDermott, A.B. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Moore, P.L. / Morris, L. / Lee, K.K. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | |||||||||
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5eszC ![]() 1vh8S ![]() 3tclS ![]() 4tvpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules EFG
#3: Protein | Mass: 23142.422 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / Gene: ispF, HI_0671, env / Cell line (production host): Expi293 / Production host: ![]() References: UniProt: P44815, UniProt: W6ICC0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |
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-Antibody , 2 types, 6 molecules ACHBDL
#1: Antibody | Mass: 26301.475 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23552.207 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 6 types, 12 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||
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#5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||
#6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #10: Sugar | ChemComp-NAG / | |
-Non-polymers , 2 types, 7 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#9: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 10% PEG8000, .1M CaCl, 20% MPD, .1M Na Acetate pH 5.5, frozen in 15% sucrose as cryoprotectant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. obs: 44647 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TCL, 4TVP and 1VH8 Resolution: 3.105→41.987 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.105→41.987 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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