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万見
- PDB-6su9: Crystal structure of Plasmodium falciparum PdxK with ligands AMP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6su9
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum PdxK with ligands AMP-PNP and PL
要素Pyridoxal kinase
キーワードTRANSFERASE / Crystal structure of Plasmodium falciparum PdxK with ligands AMP-PNP and PL.
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxamine binding / pyridoxine binding / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / vitamin B6 biosynthetic process / pyridoxine metabolic process / pyridoxal binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / response to singlet oxygen ...pyridoxamine binding / pyridoxine binding / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / vitamin B6 biosynthetic process / pyridoxine metabolic process / pyridoxal binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / response to singlet oxygen / Neutrophil degranulation / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-PXL / Pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Groves, M.R. / Gao, K. / Wang, W.
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum PdxK with ligands AMP-PNP and PL.
著者: Gao, K. / Wang, W. / Groves, M.R.
履歴
登録2019年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal kinase
B: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9759
ポリマ－114,5552
非ポリマー1,4207
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.703, 62.004, 93.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxal kinase


分子量: 57277.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0616000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6KT01, pyridoxal kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-PXL / 3-HYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLISONICOTINALDEHYDE / PYRIDOXAL / ピリドキサ-ル


分子量: 167.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.75, 0.2 M CaCl2, 31%(v/v) PEG400, 5%(v/v) glycerol
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.33 Å / Num. obs: 32284 / % possible obs: 97.87 % / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Rmerge(I) obs: 0.042 / Num. unique obs: 3159 / % possible all: 97.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RFU

1rfu


解像度: 2.15→19.327 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 1627 5.04 %
Rwork0.2094 --
obs0.2126 32276 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.43 Å2 / Biso mean: 59.7016 Å2 / Biso min: 20.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→19.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4727 0 89 69 4885
Biso mean--73.01 54.41 -
残基数----587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9526619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.822906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.21320.38581420.3053250797
2.2132-2.28450.37421320.2904252897
2.2845-2.3660.31951470.2671249498
2.366-2.46060.31071210.2521255798
2.4606-2.57230.29471280.2332251998
2.5723-2.70760.30661490.2371254398
2.7076-2.87670.34961290.2507255798
2.8767-3.0980.33551300.2541258498
3.098-3.40820.29911300.2331255099
3.4082-3.89790.25621390.2024257798
3.8979-4.89770.23281400.1581258298
4.8977-19.3270.2131400.1762265199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.9389 Å / Origin y: -0.6275 Å / Origin z: 23.2296 Å
111213212223313233
T0.2855 Å2-0.0415 Å2-0.1198 Å2-0.4328 Å20.0054 Å2--0.2375 Å2
L4.1865 °2-1.8734 °2-2.592 °2-2.3067 °21.6897 °2--3.1963 °2
S0.1385 Å °0.7643 Å °-0.0547 Å °-0.289 Å °-0.1767 Å °0.0436 Å °-0.1442 Å °-0.2194 Å °0.0354 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 126
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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