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- PDB-6str: Three dimensional structure of the giant reed (Arundodonax) lecti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6str
タイトルThree dimensional structure of the giant reed (Arundodonax) lectin (ADL) complex with N,N'-Diacetylchitobiose; 60 seconds soaking
要素Arundo donax Lectin (ADL)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ADL / Arundo donax lectin / N / N'-Diacetylchitobiose
生物種Arundo donax (ダンチク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Perduca, M. / Monaco, H.L. / Bovi, M. / Destefanis, L. / Nadali, D. / Fin, L. / Carrizo, M.E.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Three-dimensional structure and properties of the giant reed (Arundo donax) lectin (ADL).
著者: Perduca, M. / Bovi, M. / Destefanis, L. / Nadali, D. / Fin, L. / Parolini, F. / Sorio, D. / Carrizo, M.E. / Monaco, H.L.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arundo donax Lectin (ADL)
B: Arundo donax Lectin (ADL)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6706
ポリマ－33,9142
非ポリマー7564
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.960, 126.960, 45.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Arundo donax Lectin (ADL)


分子量: 16956.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arundo donax (ダンチク)
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7.5 % in PEG 8000, 10% ethylene glycol and 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91939 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→63.48 Å / Num. obs: 39380 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 5699 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X52

2x52


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.604 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2012 1998 5.1 %RANDOM
Rwork0.1741 ---
obs0.1754 37303 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.2 Å2 / Biso mean: 33.355 Å2 / Biso min: 10.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-0.64 Å20 Å2
2---1.28 Å2-0 Å2
3---4.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 51 240 2541
Biso mean--46.16 33.77 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5181.9713200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4983.0124372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6425326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4442596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74915314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.7511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0240.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.0212805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02479
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 179 -
Rwork0.245 2680 -
all-2859 -
obs--98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88590.4396-0.3071.27680.10070.16050.01630.09520.1147-0.16080.0579-0.14770.0021-0.0272-0.07420.0560.00320.04410.03130.00190.1098-26.989-32.977-0.022
22.28570.3675-0.11960.6527-0.13810.40270.0651-0.37160.08810.0905-0.0012-0.0559-0.031-0.0315-0.06390.0266-0.00050.01550.073-0.0160.0619-36.596-35.41512.634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 170
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 170
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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