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万見
- PDB-6st4: Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6st4
タイトルCrystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 (SG 1)
要素Evasin-4
キーワードIMMUNE SYSTEM / CHEMOKINE-BINDING PROTEIN / TICKS
機能・相同性negative regulation of chemokine activity / Evasins Class A / Evasins Class A / C-C chemokine binding / Immunoglobulin-like domain / extracellular region / Evasin-4
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus sanguineus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Ramirez-Escudero, M. / Janssen, B.J.C.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council677500
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of anti-CCL5 activity of the tick salivary protein evasin-4.
著者: Denisov, S.S. / Ramirez-Escudero, M. / Heinzmann, A.C.A. / Ippel, J.H. / Dawson, P.E. / Koenen, R.R. / Hackeng, T.M. / Janssen, B.J.C. / Dijkgraaf, I.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6876
ポリマ－11,3161
非ポリマー3705
水1,17165
1
A: Evasin-4
ヘテロ分子

A: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,37312
ポリマ－22,6332
非ポリマー74110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)67.999, 67.999, 41.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Evasin-4


分子量: 11316.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C8E9
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% ethylene glycol, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→58.89 Å / Num. obs: 28221 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.29→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.1511 / Num. unique obs: 2050 / CC1/2: 0.552

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELXDE位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.29→58.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.838 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.043
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 1452 5.1 %RANDOM
Rwork0.1781 ---
obs0.179 26769 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 134.32 Å2 / Biso mean: 29.285 Å2 / Biso min: 13.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.47 Å2-0 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.29→58.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数661 0 24 65 750
Biso mean--43.13 40.39 -
残基数----87
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.013712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0160.017583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.665978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6431.5591368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.072588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37925.45533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.9321588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.656151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02133
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.63131295
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.323 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 103 -
Rwork0.296 1944 -
all-2047 -
obs--99.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.6151 Å / Origin y: 49.3452 Å / Origin z: 1.1446 Å
111213212223313233
T0 Å20 Å20 Å2-0 Å20 Å2--0 Å2
L0 °20 °20 °2-0 °20 °2--0 °2
S0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °0 Å °-0 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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