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万見
- PDB-6stc: Crystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stc
タイトルCrystal structure of the tick chemokine-binding protein Evasin-4 (SG 2)
要素Evasin-4
キーワードIMMUNE SYSTEM / CHEMOKINE-BINDING PROTEIN / TICKS
機能・相同性negative regulation of chemokine activity / Evasins Class A / Evasins Class A / C-C chemokine binding / Immunoglobulin-like domain / extracellular region / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Evasin-4
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus sanguineus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Ramirez-Escudero, M. / Janssen, B.J.C.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council677500
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of anti-CCL5 activity of the tick salivary protein evasin-4.
著者: Denisov, S.S. / Ramirez-Escudero, M. / Heinzmann, A.C.A. / Ippel, J.H. / Dawson, P.E. / Koenen, R.R. / Hackeng, T.M. / Janssen, B.J.C. / Dijkgraaf, I.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8127
ポリマ－11,3161
非ポリマー4956
水88349
1
A: Evasin-4
ヘテロ分子

A: Evasin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,62414
ポリマ－22,6332
非ポリマー99112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)71.066, 71.066, 43.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Evasin-4


分子量: 11316.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C8E9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 % / 解説: hexagonal prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% PEG 400, 0.1 M NaAc pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→43.06 Å / Num. obs: 14083 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 722 / CC1/2: 0.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ST4

6st4


解像度: 1.69→30.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.99 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 665 4.7 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
obs0.1769 13399 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.19 Å2 / Biso mean: 32.411 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å2-0 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→30.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 33 49 760
Biso mean--63.36 44.11 -
残基数----89
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.013738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7241.6571009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5021.5551413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.035590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.13325.71435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5821592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.712151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02135
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 46 -
Rwork0.329 998 -
all-1044 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.639 Å / Origin y: 25.688 Å / Origin z: 9.112 Å
111213212223313233
T0.0495 Å2-0.0085 Å2-0.0085 Å2-0.032 Å20.0008 Å2--0.0701 Å2
L2.1745 °20.3461 °21.2674 °2-0.1633 °20.1097 °2--1.2113 °2
S0.068 Å °-0.0205 Å °-0.0049 Å °-0.0347 Å °-0.0212 Å °0.0273 Å °-0.0268 Å °0.0712 Å °-0.0468 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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